نفوذ فکری و معرفتی پس از جنگ سرد و فروپاشی کمونیسم بلافاصله مکتب اسلام را هدف قرار داد. به ویژه جاذبه‌ای که اسلام پس از انقلاب اسلامی در میان جوامع، از جمله غرب پیدا کرد، پروژه نفوذ و دگرگون‌سازی اسلام سیاسی از شدّت و حدّت بیشتری برخوردار شد. استاد شهید مطهری در این زمینه سخن ارزنده‌ای دارد که در این جا به آن اکتفا می‌شود. او در بررسی نهضت‌ها می‌گوید: «هنگامی که یک نهضت اجتماعی اوج می‌گیرد و جاذبه پیدا می‌کند و مکتب‌های دیگر را تحت‌الشعاع قرار می‌دهد، پیروان مکتب‌های دیگر برای رخنه کردن در آن مکتب و پوسانیدن آن از درون، اندیشه‌های بیگانه را که با روح آن مکتب مغایرت دارد، وارد آن مکتب می‌کنند و آن مکتب را به این ترتیب از اثر و خاصیت می‌اندازند و یا کم اثر می‌کنند. نفوذ و نشر اندیشه‌های بیگانه خطری است که کیان اسلام را تهدید می‌کند.»(مطهری، 1366: 92ـ 90)
ظهور انقلاب اسلامی که به اعتراف استراتژیست‌های غربی اندیشه‌های آن جاذبه فوق‌العاده‌ای دارد، باید از همان ابتدا مهار می‌شد؛ از این رو سیاست‌های مهار نفوذ تفکر انقلابی در دستور کار دستگاه‌های تصمیم‌ساز و تصمیم‌گیر غربی قرار گرفت. برای مقابله با اسلام سیاسی منبعث از اندیشه‌های ناب اسلامی و اندیشه‌های امام خمینی(ره) به اسلام سکولار، اسلام لیبرال و در یک کلام اسلام آمریکایی متوسل شدند. بنابراین، ایجاد و توسعه اندیشه‌های متفاوت، مخالف و معارض با اسلام ناب اسلامی در اولویت برنامه‌های سازمان‌های وابسته به سیا قرار گرفت. آنها این راه را در دوران جنگ سرد و با توسل به اندیشه چپ غیرکمونیستی برای مقابله با اندیشه کمونیسم آزموده بودند. نکته درس‌آموز از نفوذ در این اظهارنظر «آرتور شنیتسلر» تاریخ‌نگار آمریکایی است که خود در تولید بنیاد تئوریک مزبور مشارکت داشت. وی می‌گوید تز چپ‌گرایی غیر کمونیستی به سفارش نهادهای امنیتی آمریکا و از سوی آیزایا برلین، جرج کنان، نیکلاس ناباکوف، اورل هاری هایمن و خودش طراحی شده است.(همان: 134)
از این رو، روند ارتباط با روشنفکران و سازماندهی آنها و هم جهت کردن آنها با راهبرد آمریکا و غرب در ایران در سال‌های پس از جنگ تحمیلی، به ویژه دوران ریاست‌جمهوری کلینتون به بعد ابعاد بسیار وسیعی گرفته است. مهم‌ترین وجه این رویکرد، تلاش برای ایجاد همگرایی استراتژیک میان روشنفکران سکولار با منورالفکران مذهبی بود که به نظر می‌رسد به موفقیت‌های نسبی هم دست یافتند.