ایرنا نوشت:موضوع بیماری رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام از همان زمان که زمزمه جایگزینی او بر صندلی مرحوم آیت الله هاشمی رفسنجانی مطرح می‌شد، به میان آمد.... بعد از مدتی محمدرضا باهنر، قصور پزشکی درباره رئیس مجمع تشخص مصلحت نظام را افشا کرد. به گفته او در یکی از عمل‌های جراحی که بر روی هاشمی شاهرودی صورت گرفته، به‌جای غده؛ کلیه را از بدن او خارج کردند!
بعد از این افشاگری، سخنگوی وزارت بهداشت ادعای قصور پزشکی در درمان رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام را خلاف واقع عنوان کرد اما بااین‌حال پس از بازگشت هاشمی شاهرودی از آلمان جلسات مجمع تشخیص مصلحت نظام به روال گذشته برگزار نشد. برخی از اعضای مجمع، دلیل این بی‌نظمی جلسات را بیماری رئیس مجمع می‌دانند...انتشار تصاویری از آیت‌الله سیدمحمود هاشمی شاهرودی در جلسه دیروز مجمع تشیص مصلحت نظام، بار دیگر موضوع بیماری و وخامت حال رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام را در افکار عمومی به جریان انداخت
به گزارش صصwww.basirat.ir،مصباحی‌مقدم در پاسخ به این سوال که «تصاویر منتشرشده از جلسه دیروز مجمع حکایت دیگری داشت؟»، گفت: «بالاخره ایشان دوران نقاهت را می‌گذرانند.». او تاکید کرد: «اتفاقاً حال آیت‌الله هاشمی شاهرودی از جلسه قبل بهتر بود.»
محمدمهدی هادی‌به، یکی از شاگردان آیت الله سیدمحمود هاشمی شاهرودی در قم که از سال 88 در کلاس‌های درس رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام شرکت می‌کند گفت: کلاس هاشمی شاهرودی از دی ماه سال گذشته به دلیل بیماری ایشان تعطیل شده و تا امروز هیچ جلسه‌ای تشکیل نشده است.
او گفت: «آیت الله هاشمی شاهرودی دو سال است که درگیر بیماری هستند. دیروز هم که عکس ایشان در رسانه‌ها منتشر شد من با پسرشان تماس گرفتم و ابراز نگرانی کردم. اما پسر ایشان اعلام کردند که حاج آقا در حال طی کردن سیر درمانی هستند.»برخی منابع می‌گویند به دلیل بیماری آیت‌الله هاشمی شاهرودی بسیاری از امور را دبیرخانه مجمع که اکنون در اختیار محسن رضایی قرار دارد برعهده‌گرفته است.