اعتراضات بخشی از جریان اصلاح طلبان به مدیریت داخلی دولت اعتدال روز به روز در حال افزایش است. این اعتراض از آنجایی است که ناکارآمدی و ضعف های موجود در دولت گریبانگیر اصلاح طلبان نیز شده است و ایشان توان پاسخگویی نسبت به عملکرد دولت مورد حمایت اصلاح طلبان را ندارند.
آخرین نمونه از این قبیل اعتراضات را می توان در نوشتار علی صوفی وزیر دولت اصلاحات در روزنامه آفتاب یزد مشاده نمود. وی می‌نویسد: «حسام‌الدین آشنا مشاور فرهنگی رئیس جمهور درحالی نسبت به عدم به‌کارگیری تجربیات دوره اول دولت از سوی روحانی برای بهبود اوضاع اعتراف می‌کند که خود از دولت است. از این رو، باید اذعان داشت که متأسفانه روحانی در کنار خود افرادی دارد که به هیچ روی حاضر به قبول این واقعیت‌ها نیستند و معلوم نیست که افرادی نظیر واعظی هم به اعتراف آشنا اعتقاد داشته باشند. در حالی که روحانی دولت را کاملا به واعظی سپرده است، حال آنکه مردم به روحانی رأی دادند. بنابراین واعظی به عنوان رئیس دفتر نباید این همه اختیار داشته باشد اما معاون اول رئیس جمهور بگوید من حتی اختیار تغییر منشی‌ام را هم ندارم. این مسائل مواردی است که از درون دولت خارج می‌شود. اگر جهانگیری این اختیار را ندارد پس چه کسی باید داشته باشد. وقتی اعتدالگرایان روحانی را به سمت و سوی عملکرد حزبی تشویق می‌کنند و رئیس جمهور به خاطر حزب اعتدال و توسعه همه چیز را به واعظی بسپارد به طور قطع به سادگی نقش اصلاح‌طلبان را در انتخابات 96 انکار می‌کند. به طور قطع با وجود چنین وضعیتی، روحانی بی‌انگیزه می‌شود تا آنجا که او به تازگی در دیدار با فعالان سیاسی به حدود اختیاراتش اعتراف کرد.»