انقلاب اسلامی همواره در طول ۴۰ سال از حیات خود با مشکلات عدیده‌ای روبرو بوده است و از مهترین آن‌ها که دشمنان مکتب اسلام در ابعاد آن نقش حیاتی داشتند و این نقشه‌ها را می‌خواستند در انقلاب عملی سازند، چالش‌های مختلف در حاکمیت دینی بود که به صورت‌های مختلف؛ اعتقادی، گفتمانی، رفتاری، ساختاری و ... تلاش برای تضعیف ماهیت و مبانی انقلاب اسلامی شده است تا انقلاب را از اسلام در مرحله اول دور کرده و در گام دوم تهی سازی یا شبیه سازی به سمت و سویی نمایند که سرانجامش چیزی نیست جز اسلام سکولار که اکثر کشور‌های اسلامی در جهان بدین شیوه مدیریت و رهبری می‌شود.
سوال در چرایی مقابله با انقلاب اسلامی از بدو تأسیس تا به امروز است.
برای پاسخ به این سوال، بایستی به تاریخ برگردیم و بررسی نماییم در دوره خلفا، ۲۵ سال امیرالمومنین در انزوا قرار می‌گیرد، ولی بخاطر مصلحت نظام اسلامی سکوت می‌کند، اما وقتی در رأس حکومت قرار می‌گیرد به تمام شاخص‌ها توجه می‌شود تا افراد زیردست و کف جامعه مورد تکریم قرار گرفته و هم پایه با سایر طبقات قرار گیرند و عدالت اسلامی در حق آنان اجرا شود؛ بنابراین مرز بندی وقتی در جامعه احیا می‌شود و شاخص‌های والای معرفتی و انسان شناختی و انسان سازی معرفی می‌شود و نظام توحید با تمام ابعادش، هم در تئوری و هم در عمل اجرایی می‌گردد، آن حکومت به قطب اسلام و در معرض دید در عرصه جهانی تبدیل می‌شود.
در عصر‌های مختلف نیز با این مسئله روبرو می‌شویم که در زمان شیخ طوسی تا آیت ا... بروجردی با پنج دسته روحانی و یا امام جماعت روبرو هستیم:
۱. روحانیونی که متناسب با شرایط و زمان به مقابله با جریان انحرافی پرداختند.
۲. روحانیونی که برای تحکیم مبانی تشیع با دستگاه حاکم کار می‌کردند؛ مانند: خواجه نصیرالدین طوسی، شیخ بهایی و میرداماد که روحانیون درباری نبودند، فقط نمی‌خواستند مبانی تضعیف شده و از بین برود.
۳. روحانیونی که دستگاه در پی سوء استفاده از آن‌ها بود، ولی آن‌ها باج به حکومت نمی‌دادند؛ مانند میزای قمی و ملاهادی سبزواری.
۴. روحانیون بی طرفی که حرف‌های خوبی زدند، اما در جهت مبارزه برای انقلاب و ایجاد حاکمیت دینی گام موثری برنداشتند.
۵. روحانی نما‌هایی که دربار برای سوء استفاده از دین، آن‌ها را پرورش داد؛ از جمله میزاملکم خان و تقی زاده‌ها و ...
بطور خلاصه از زمان صدر اسلام حاکمیت دینی دغدغه پیامبران مبعوث شده از سمت خدا و این استمرار از اهل بیت تا به امروز و در عصر غیبت امام زمان (عج) ادامه داشته و دارد.
این چالش‌ها در دوران انقلاب اسلامی عبارتند از؛
۱. دهه اول انقلاب؛ ایجاد تقابل بین تفکر امام با پیروان امام، که ملی گرا‌ها و جریان‌های التقاطی در پی آن بودند.
۲. دهه دوم انقلاب؛ تفکر رهبری و پیروان رهبری. تکنوکرات ها، عافیت طلبان اشرافی گر و سکولار‌ها بدنبال آن بودند و برای تخطئه کردن اندیشه رهبری، امام راحل را تحسین و رهبر حیّ را سرکوب و یا با تئوری‌های خود در پی بی ارزش کردن جایگاه ولایت فقیه بودند.
۳. دهه سوم انقلاب؛ تداوم تلاش‌های دشمنانه برای مقابله با تفکر رهبری و نزج و توسعه نگاه و حرکت جریان انقلابی
۴. در دهه چهارم انقلاب شاهد طرح گفتمان رهبری با عنوان پیشرفت و عدالت هستیم که تلاش‌های پیدا و پنهان زیادی برای تضعیف آن و تعدیل اصول محکم بیان شده درآن و مصادره به نفع مطامع شخصی و جناحی را نیز شاهد بوده و هستیم.