حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب در پیامی درگذشت عالم و متفکّر برجسته جناب آقای محمدرضا حکیمی را تسلیت گفتند. متن پیام رهبر حکیم انقلاب به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
با تأسف و تأثر خبر درگذشت عالم و متفکّر برجسته جناب آقای محمدرضا حکیمی قدّس‌الله‌نفسه را دریافت کردم.
ایشان دانشمندی جامع، ادیبی چیره‌دست، اندیشه‌ورزی نوآور و اسلام‌شناسی عدالتخواه بودند. ایشان عمر را فارغ از آرایه‌ها و پیرایه‌های مادی، در خدمت معارف والای قرآن و سنّت گذرانده و آثاری ارزشمند از خود به جا نهادند.
بهره‌گیری از محضر پر فیض و نفس گرمِ استادان معرفت و معنویت در مشهد مقدس، ذخیره‌ئی از توکل و تعبّد و غنای نفس در دل و جان این شخصیت عزیز به جا نهاده بود که تا آخر عمر با برکتش وی را استوار می‌داشت.
این‌جانب فقدان اندوه‌بار این رفیق دیرین را به خاندان مکرّم حکیمی و بازماندگان بویژه برادر بزرگوار ایشان و نیز به همه‌ی دوستان و علاقمندان آن مرحوم تسلیت عرض میکنم و رحمت و مغفرت الهی را برای وی مسألت می‌نمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۱ شهریور ۱۴۰۰