در صورت تشکیل حکومت، طالبان حداقل با سه چالش اساسی مواجه خواهد شد:
1. شناسایی بین‌المللی از جانب سایر کشورها که با توجه به سابقه طالبان و تعارض منافع کشورهای مختلف در افغانستان، این امر به راحتی امکان‌پذیر نیست. کما اینکه در دور قبل هم فقط سه کشور «عربستان»، «امارات» و «مصر» دولت طالبان را به رسمیت شناختند.
2. در ارتباط با تداوم حکومت؛ زیرا با توجه به بافت قومی افغانستان، چنانچه طالبان دولت ائتلافی تشکیل ندهد، به زودی با مقاومت سایر قومیت‌ها و گروه‌ها مواجه خواهد شد.
3. دسترسی به منابع مالی افغانستان در خارج که هم‌اکنون از سوی آمریکا، در راه دسترسی طالبان به این منابع 10 میلیارد دلاری، ممانعت ایجاد شده است.