جریان اصول‌گرا از همان ابتدا، این فتنه را محکوم کرد، اما جریان اصلاح‌طلب در مواجهه با این فتنه، دچار چنددستگی شد؛ برخی از اصلاح‌طلبان اساساً خود سران فتنه یا نیروهای اصلی ایجاد فتنه بودند مانند موسوی، کروبی و تمامی دستگیرشدگان فتنه 88، برخی دیگر نیز اگرچه بر حقانیت نظام آگاه بودند، اما سکوت کردند و هیچ موضعی در محکومیت فتنه اتخاذ نکردند. با این حال، تعداد معدودی از اصلاح‌طلبان بعد از حماسه نهم دی خواهان خاتمه فتنه شدند.