یکی از عرصههای مهم اقدامات بنیادین حضرت امام (ره) در فرآیند استقرار قانون در کشور، ساماندهی به دستگاه قضایی بود که در وضعیت پرآشوب آن سالها بسیار اهمیت داشت. پس از پیروزی انقلاب اسلامی، یکی از مهمترین مطالبات تودهها برخورد با جنایتکاران رژیم پهلوی بود که دستانشان به خون جوانان وطن آغشته شده بود. این امر انقلابی به دادگاههای انقلاب واگذار شد. در ۲۴ بهمن ۱۳۵۷، «حجتالاسلام والمسلمین صادق خلخالی» به عنوان حاکم شرع دادگاه انقلاب از جانب امام (ره) مشخص شد و در روز پنجم اسفند ۱۳۵۷ امام (ره) طی فرمانی به وی خواستند تا دادگاه انقلاب اسلامی را تشکیل داده و پس از محاکمه متهمان، احکام شرعی درباره آنان صادر کنند.
یک ماه بعد، هنوز سال ۱۳۵۷ به پایان نرسیده بود که امام (ره) در راستای قانونمندسازی دستگاه قضا و محدود و قانونمندسازی عملکرد این مجموعه نوپا، طی حکمی امور دادگاههای انقلاب را به شورای انقلاب و دولت موقت واگذار کرد و از آنان خواست تا آییننامه جدیدی تنظیم و تصویب کند. همچنین تأکید کردند، دادگاه مرکزی تهران تا تصویب آییننامه جدید، محاکمات را متوقف کند و دادگاههای شهرستانها به کار بازپرسی و محاکمه ادامه دهند، ولی اجرای احکام این دادگاهها از این پس موقوف به تأیید دادگاه مرکزی خواهد بود که طبق آییننامه جدید صورت خواهد گرفت.
حضرت امام (ره) در تداوم مسیر قانونی کردن محاکمات انقلابی آن روزها، در حکمی خطاب به آقای «مهدی هادوی» دادستان انقلاب، شرایط مجازات اعدام در دادگاهها را شرح داده و اعلام میدارند: «در غیر از دو مورد زیر: ۱- کسی که ثابت شود آدم کشته است؛ ۲- کسی که فرمان کشتار عمومی داده است و یا مرتکب شکنجهای شده که منجر به مرگ شده باشد، هیچ دادگاهی حق ندارد حکم اعدام صادر کند و نباید اشخاص در غیر از دو مورد مذکور اعدام شوند. تخلف از این امر جرم است و موجب ثبوت قصاص.»
با تصویب قانون اساسی، بستر مهمی برای تحقق کامل قانونگرایی در دستگاه قضا فراهم شده بود. این فرآیند البته نیازمند همیاری قوای سهگانه بود تا با کمترین تنش و بیشترین همسویی محقق شود؛ از این رو حضرت امام (ره) از رئیسجمهور منتخب خواستند تا با قاطعیت برای حاکم کردن نظم و امنیت تلاش کرده و همکاری نزدیکی با دادستان کل انقلاب داشته باشند. ایشان در پیامی در آستانه آغاز سال ۱۳۵۹ اعلام کردند: «از این تاریخ به بعد احدی حق تعرض به کسی را ندارد، نه مقامات مسئول و نه گروه غیرمسئول و جناب آقای رئیسجمهور موظف هستند که از این هرج و مرج موجود اکیداً با قوه قهریه جلوگیری نمایند و متخلفین را از هر قشری هستند به دست قانون بسپارند و جناب آقای قدوسی دادستان کل انقلاب موظف هستند که اشخاص متخلف را از هر طبقه هستند به دادگاه احضار و به وسیله آقای رئیسجمهور آنان را الزام به حضور، و عدالت را درباره آنان اجرا کنند.»
تأکید بر رعایت قانون سالهای بعد نیز ادامه داشت و تحقق و گسترش آن در بخشهای دیگر دستگاه قضا هم دنبال شد. برای نمونه، در مواجهه با دادگاههای ارتش دستورالعملی فرمانی صادر کرده و ضمن تشریح اهم وظایف این دادگاهها، آنان را به رعایت کامل قانون دعوت کردند.
در راستای گسترش حقوق شهروندی و قانونمند کردن بیشتر دستگاه قضا، حضرت امام (ره) در ۲۴ آذر ۱۳۶۱، فرمان هشت مادهای جدیدی را صادر کردند که گام مهم دیگری در مسیر تحقق قانون بود. فرمان امام (ره) در شرایطی صادر شد که ایران در اوج تهدیدهای دشمنان داخلی و خارجی قرار داشت و همچنین دسیسههای جریانهای ضدانقلاب سبب شده بود کشور با ناامنی و وضعیت دشواری روبهرو باشد.
مهمترین بخشهای فرمان هشت مادهای امام (ره) توجه به قانونمداری، استقلال و بی طرفی، کرامتمداری، قانونی بودن اعمال قضایی و حفظ و احترام به حریم خصوصی شهروندان بود. ایشان در نخستین بند از فرمان هشت مادهای خود بر ضرورت قانونمداری و لازمالاجرا بودن قوانین شرع مقدس اسلام تأکید کردند و تمرکز را بر قانونمندسازی بیشتر و اصلاح دستگاه قضا قرار داده بودند. نداشتن حق توقیف یا احضار فردی بدون حکم قاضی، نداشتن حق ورود به مغازه یا خانه فردی بدون اجازه صاحب خانه، رسیدگی به صلاحیت قضات و دادستانها و سرعت و دقت عمل و نداشتن حق استراق سمع حتی به بهانه کشف جرم و گناه، از جمله بخشهای مهم این فرمان هشت مادهای به شمار میرود.
برحسب اهمیت فرمان هشت مادهای، مسئولان وقت به منظور عملیاتی کردن هر یک از بندهای آن پای کار آمدند و ستادی، مرکب از مسئولان رده بالای دستگاههای قضایی، اجرایی و قانونگذاری تأسیس کردند. این ستاد در واقع تحت ریاست رئیس دیوان عالی کشور وقت که به منزله رئیس قوه قضائیه بود، قرار گرفت و این ستاد، مقرراتی در ۲۴ محور تنظیم کرد که در واقع دستورالعمل هیئتهای بازرسی و نظارتی بود و گزارشهایی که تهیه میشد، در دستور کار و اجرا قرار میگرفت.