علیه مسلمانان

خیلی زودتر از آنچه تصور می‌شد، سیاست تجاری پرتغالی‌ها در قبال هند تبدیل به سیاست تجاوز و زیاده‌خواهی شد. چند ماه پس از بازگشت «گاما» به لیسبون، «مانوئل ثروتمند» پادشاه پرتغال، ناوگانی بزرگ و مجهّز، مرکب از ۱۳ کشتی، به فرماندهی ماجراجویی به‌نام «پدرو آلوارس کابرال» (۱۴۶۰-۱۵۲۶) روانه شرق کرد، اما این‌بار با هدف تسخیر!
کابرال با دعاوی دور‌و‌دراز به کالیکوت رسید. او متکبرانه از حکمران هندو خواستار اخراج تجّار مسلمان از این بندر شد و آنگاه که وی را با خفت‌و‌خواری راندند در «کوچن» مستقر شد و معلوم نشد چرا تنی چند از همراهانش نیز به قتل رسیدند. او نخستین قرارگاه پرتغالی‌ها را به کمک یهودیانی که همراه او بودند و بردگانی که از سواحل آفریقا به اسارت گرفته بودند در آنجا به‌پا کرد. کوچن در سده‌های بعد، چه در زمان پرتغالی‌ها و چه انگلیسی‌ها، یکی از پایگاه‌های اصلی یهودیان در اقیانوس هند و مرکز مهم فروش برده بود. 
کابرال، شکست‌خورده به پرتغال بازگشت و کمی بعد، به سال ۱۵۰۲، واسکودوگاما مأموریت جدید خود را با هدف انهدام کامل ناوگان‌های تجاری مسلمانان و استقرار سلطه انحصاری پرتغال بر راه‌های دریایی شرق آغاز کرد. گاما، این‌بار در رأس ناوگان نظامی نیرومندی قرار داشت که تعداد آن را بین ۱۴ تا ۲۱ کشتی ذکر کرده‌اند.
گاما، در مسیر خود ابتدا در بندر کیلوا، خراج مفصّلی از حکمران مسلمان شهر گرفت و به کشتار مردم دست زد؛ سپس به بندر کالیکوت رفت و کشتی‌های تجار مسلمانان را در این بندر نابود کرد. او با تهاجم به بنادر اصلی منطقه، موجی بی‌سابقه از خشونت و وحشت آفرید.
«ریان» که با همدلی آشکار از زندگی گاما سخن می‌گوید، درباره هدف اصلی مأموریت گاما می‌نویسد: «مأموریت اکتشافی» پدرو کابرال در سال ۱۵۰۰ ثابت کرد که «انحصار مسلمانان» بر تجارت شرق را نمی‌توان «از طریق مذاکره یا رقابت مسالمت‌آمیز» از میان برد و تنها راه، اعمال قهر بی‌رحمانه بود. «ریان» می‌افزاید؛ گاما این درس را (به اروپایی‌ها) آموخت که: «موثرترین راه برای شکستن انحصار تجارت ادویه به‌دست مسلمانان زور و اسلحه است.»
تاریخ هند آکسفورد نیز مأموریت گاما را اخراج تجار مسلمان از سواحل مالابار عنوان می‌کند و می‌افزاید: «وی در این مأموریت همان خشونتی را علیه مسلمانان به‌کار برد که پرتغالی‌ها و اسپانیایی‌ها علیه مسلمانان شبه‌جزیره ایبری به‌کار می‌بردند و سرانجام نیز موفق به اخراج تجار مسلمان از سواحل مالابار شد.»
واسکودوگاما در دسامبر سال ۱۵۰۳، به لیسبون بازگشت و در سال ۱۵۱۹ از طرف پادشاه پرتغال به‌عنوان نایب‌السلطنه پرتغال در شرق منصوب شد؛ ولی مدت کوتاهی پس از سفر به هند در‌گذشت.