مسلمان‌کشی

کاشفان پرتغالی، جنایت‌کارانی بودند که دست‌شان به خون مسلمانان هند آلوده است که بخشی از فهرست جنایات‌شان را برخی کتب تاریخ نقل کرده‌اند. شاید یک از مهم‌ترین جنایات «واسکو دو گاما» حمله به کشتی زائران و حاجیان مکه‌الحرام باشد. واسکو دو گاما در سفر دوم به هند، کشتی حامل زائرانی را که از کلکته به مکه می‌رفتند، اشغال کرد. شاهدان عینی، عملیات او را به عنوان جنایت در نهایت خونسردی می‌دانند. او کشتی حامل ۴۰۰ زائر از جمله ۵۰ زن را به اشغال در‌آورد و مسافران، صاحب کشتی و نیز سفیر مصر را به صف کرد و آنها را سوزاند. قربانیان پیشنهاد کردند همه سرمایه خود را بابت فدیه بردگان مسیحی پادشاهی شمال مراکش و حتی بیشتر از آن را می‌پردازند؛ ولی او نپذیرفت. او از پنجره کشتی شاهد زنانی بود که طلا و جواهرات خود را می‌دادند و بچه‌هایی که خواستار رحم و ملاطفت او بودند. بعد از درخواست دوگاما مبنی بر اخراج مسلمان‌ها، حکمران کلکته یک مقام مذهبی را برای مذاکره نزد او فرستاد. دوگاما او را جاسوس دانست و دستور داد لب‌ها و گوش‌هایش را بریده و پس از دوختن یک جفت گوش سگ به جای آنها، سوی وی بازگرداند. 
جنایات «آلبوکرک» علیه مسلمانان هند نیز تأسف‌بار است. آلبوکرک پس از تسخیر گوا تمام مسلمانان این منطقه را از دم تیغ گذراند و در گزارشی که به لیسبون فرستاد، نوشت: «هرجا مسلمانی یافتم به هلاکت رساندم، مساجد را از آنان پر می‌کردم و سپس به آتش می‌کشیدم.»
نمونه‌ای دیگر از جنایت استعمارگران پرتغالی، دستور دولت پرتغال به نایب السلطنه‌شان در هند است. در بندر گوا و حومه آن حدود ۳۰۰ هزار مسیحی وجود داشت. در آن زمان در مهم‌ترین پایگاه پرتغالی‌ها در مجمع‌الجزایر اندونزی ۱۶ هزار مسیحی در سال ۱۶۰۴ میلادی زندگی می‌کردند؛ ولی عده مسیحیان در مقایسه با جمعیت کثیر بومی ناچیز بود. دولت پرتغال از پیشرفت کند مسیحیت میان اهالی آسیا بسیار ناراحت شد و به نایب‌السلطنه پرتغال در هند دستور داد در نابود کردن افراد غیر مسیحی بکوشد و از هیچ کوششی در راه اشاعه مسیحیت دریغ نکند. در سال ۱۵۴۰، بنا بر این دستور، مأموران پرتغال در هند معابد هندی را در گوا خراب و اموال‌شان را میان سایر مؤسسه‌ها تقسیم کردند. همچنین کسانی را که از دین مسیح و طرز اشاعه آن به دست پرتغالی‌ها خورده می‌گرفتند در دادگاه‌های مذهبی محاکمه و دسته دسته به زندان، شکنجه و اعدام محکوم می‌کردند.