در این برنامه ملی، وظایف هر دستگاه در چارچوب اجرای این طرح مشخص شده است. به عنوان مثال براساس این برنامه ملی، سازمان مدیریت مامور تهیه طرح استفاده از ظرفیت هدفمندی یارانه ها در فعالیت های تولید کالا و خدمات شده است.
در همین حال، وزارت اقتصاد، مامور تهیه طرح بهره گیری از ابزارهای قیمتی و غیر قیمتی برای کاهش قیمت یارانه مصرفی شده است. اعطای مشوق‌هایی به منظور کاهش مصرف انرژی، آب، نان و فرهنگ سازی و ترویج مدیریت مصرف انرژی و اصلاح قیمت حامل‌های انرژی در نظر گرفته شده است.
همچنین کارشناسان سازمان مدیریت، بانک مرکزی و وزارتخانه‌های نفت، نیرو، جهاد کشاورزی، راه و شهرسازی، تعاون، کار و رفاه اجتماعی و صنعت، معدن و تجارت، وزارت اقتصاد را در این پروژه همراهی خواهند کرد.
در این پروژه وزارت اقتصاد به کمک دستگاه‌های همکار، مدل مناسبی برای تعیین شیوه مناسب بازتوزیع منابع ناشی از هدفمندی و تعیین سهم گروه های مختلف در مدت ۶ ماه را با توجه به اهداف اقتصادی و اجتماعی، طراحی و همچنین تهیه نظام اجرایی لازم برای بازتوزیع این منابع و استفاده اهرمی برای کمک به گروه های مختلف را ارائه و معرفی می‌کند.
براساس این برنامه ملی، مقرر شده است، طراحی و تدوین نحوه تعیین قیمت و نظام اجرایی آن در حوزه حامل‌های انرژی، آب، آرد و گندم در مدت ۶ ماه انجام شود.
در این پروژه مدل مناسب برای برآورد اصلاح قیمت حامل های انرژی، آب، گندم و نان و تبیین آثار آن بر رشد اقتصادی، اشتغال و تورم طی دوره برنامه ششم توسعه مورد توجه قرار می گیرد و نهایتا متناسب با نتایج مدل، سازو کار و نظام اجرایی اصلاح قیمت ها تعیین می شود.
در این برنامه ملی علاوه بر وزارت اقتصاد و سازمان مدیریت، پروژه هایی هم به منظور اجرا برای وزارت نیرو، نفت و صنعت دیده شده است به گونه ای که سازمان مدیریت مامور «طراحی الگوی اعطای یارانه های تولیدی بین بنگاه ها و تدوین نظام اجرایی برای توزیع منابع یارانه ای در بخش صنعت، معدن، کشاورزی، حمل و نقل و انرژی»، وزارت نیرو مامور «تهیه پروژه های تبدیل نیروگاه های گازی به سیکل ترکیبی، اجرای طرح های بهینه سازی و بهبود بازده نیروگاه های حرارتی موجود و اصلاح و بازسازی شبکه های توزیع و خطوط آب شرب شهری و صنعتی»، وزارت صنعت مامور «طراحی پروژه ارتقای سلامت، ایمنی، کیفیت و کاهش ضایعات آرد و نان در سبد مصرفی خانوار و ارتقای بهره وری در زنجیره تولید و مصرف گندم، آرد و نان» (افزایش سهم تولید نان صنعتی) و در نهایت وزارت نفت مامور «تهیه پروژه‌هایی برای اصلاح و تکمیل شبکه انتقال و توزیع گاز طبیعی و انتقال جانبی و توسعه و اصلاح خطور انتقال نفت خام و فرآورده های نفتی و تاسیسات جانبی» شده اند.