برجسته‌ترين لکه ننگ استعمارگران در مستعمرات کشتار عظيمي است که در طول حضور خود در سرزمين‌هاي اشغالي به جاي گذاشتند. اسپانيايي‌ها به عنوان پيشگامان استعمارگري در اين زمينه پيشگام بودند. به نوشته ارنست ماندل: وحشيگري هولناک "فاتحان" (کانکوئيستادورها - کنکيستادورها) اسپانيايي را در آمريکا همه مي‌دانند. اينان در يک فاصله زماني پنجاه ساله، 15 ميليون سرخپوست را نابود کردند و اين رقم بنا به عقيده مورخين "محافظه کار" بر 12 ميليون نفر بالغ مي‌شد. مناطقي مانند هائيتي، کوبا، نيکاراگوئه و سواحل ونزوئلا، که تراکم جمعيت بسيار داشت، کاملاً از جمعيت خالي شد.
تعداد نفوس آمريکاي لاتين در لحظه هجوم اروپايي‌ها بين 20 تا 40 ميليون نفر تخمين زده شده است. انهدام سريع اين نفوس در اثر بيرحمي زياده از حد سودجويان شبه جزيره ايبري چنان بود که در 1800 با آنکه تعداد کثيري اروپايي بدانجا مهاجرت نموده و جمع بيشماري از بردگان سياه را بدانجا برده بودند بيش از پانزده ميليون نفوس در آن سرزمين نمي‌زيست. در واقع فتح اسپانيايي‌ها موجب از بين رفتن دو سوم تا سه چهارم نفوس بومي شده بود. اعمال شاقه در کشتزارها و معادن و بيماريهاي واگيردار اروپائيان مسئول اين جنايت منهدم کننده شناخته شده است.
اسپانيايي‌ها با روش‌هاي مختلفي به کشتار مردم بومي مي‌پرداختند. کتاب چندجلدي "تاريخ سرخپوستان" نوشته کشيش "بارتولومه دلا کاساس" است که به بررسي منطقه‌اي پرداخت که کريستف کلمب فرماندار آن بود. وي در اين کتاب اسپانيايي‌ها را توصيف مي‌کند که چگونه با ولع سيري‌ناپذيري به کشتار، ترور، آزار و شکنجه مردم بومي با روش‌هاي مختلف، جديد عجيب خشونت مي‌پرداختند و اينکه اين خشونت دائمي به منظور جلوگيري از شکل‌گيري اين تفکر در ميان بوميان انجام مي‌شد که فکر نکنند انسان هستند. لاکاساس مي‌نويسد: «اسپانيايي‌ها براي امتحان کردن تيزي شمشيرهايشان به غير از آزمايش آنها بر روي ده تا بيست سرخپوست و تکه تکه کردن آنها به چيز ديگري فکر نمي‌کردند.»
به نوشته برخي محققان هنگامي که دوران کريستف کلمب به پايان رسيد، از اين جمعيت تنها صدهزار نفر باقي مانده بودند که همين تعداد هم تا سال 1542 به تنها 200 نفر رسيدند. تخمين زده مي‌شود طي يک نسل بعد از ورود کريستف کلمب، حدود 15 ميليون بومي آمريکايي در سرتاسر جزائر کارائيب نابود شده باشند؛ اين نسل‌کشي است، يعني کشتار کل مردم يک ن‍‍ژاد در مقياس وسيع. پي‌ريزي اين سياست‌ها، سياست‌هاي نابودگرانه‌اي که اروپايي‌ها با استناد به آنها به توجيه حذف حدودا 100 ميليون بومي آمريکا در کل نيمکره غربي پرداختند را بنا گذارد. با هر معياري که حساب کنيم، کشتاري با اين رقم، يک هولوکاست به حساب مي‌آيد.
در آغاز قرن شانزدهم، بوميان 99 درصد جمعيت آمريکاي لاتين و کارائيب را تشکيل مي‌دادند. امروز اين رقم به فقط 30 درصد کاهش يافته است. در کشورهائي که داراي بالاترين درصد جمعيت بومي هستند (پرو، مکزيک، گواتمالا، بوليوي و اکوادور) اين رقم بيشتر از 27 درصد نمي‌باشد. اکنون 770 تيره متمايز از بوميان در آمريکاي لاتين و کارائيب وجود دارد. ولي جمعيت هيچ يک از آنان از 5000 نفر تجاوز نمي‌کند. و آنان جزو فقيرترين فقرا، محروم، به حاشيه رانده شده، غرق در بينوائي بوده، توسط ملاکان، صاحبان معادن و شرکت‌هاي چند مليتي، به طمع تصرف زمين‌شان، همچون حيوان قابل شکار سر به دنبالشان مي‌گذارند و آنها را به زور از زمين شان فراري مي‌دهند.
"ماريا پائز ويکتور "، استاد مطالعات آمريکاي لاتين و کارائيب در دانشگاه تورنتو کانادا ابراز مي‌دارد: «اين زنان سفيدپوست نبودند که با مردان بومي و يا سياه ازدواج کرده و يا در آميخته و توليد مثل مي‌کردند. بلکه فقط اين سفيدِ مذکرِ سلطه‌گر بود که زنان را، اغلب به عنوان زنان غير عقدي، از ميان زنان برده‌ي بومي و سياه انتخاب و تملک مي‌کرد. خود من از سلاله مستقيم يک برده مولاتو هستم. نام جده مادري من - سه نسل قبل - "فيلپا لوسنا " بود. پس از به دنيا آوردن پسري با رنگ روشن‌تر، توسط نياي ملاک من آزاد شد. سپس نياي من - لطف کرده - اين پسر را وارث خود ناميد.»
در دلنوشته يکي از قبيله شاوني در وصف جنايات اروپاييان بيان شده است: «امروز کجاست قبيله پکوت ؟ کجا هستند قبايل ناراگانست ، موهيکان ، پوکانوکت و بسياري از قبايل ديگر ملت ما که پيش از اين آن همه نيرومند بودند؟ آنان در زير يوغ سفيدپوستان چنان ناپديد شدند که برف در برابر خورشيد آب مي‌شود. آيا بي‌آنکه به مقابله برخيزيم و مقاومت کنيم خواهيم گذاشت که ملت ما از بين برود؟ آيا خانه و زندگي خود و سرزمين خود را که "روح بزرگ" به ما عطا فرموده است، و نيز گور مردگان خود و آنچه را براي ما عزيز و مقدس است رها خواهيم کرد؟ مي دانم که شما هم همصدا با من فرياد برخواهيد آورد، «هرگز! هرگز!» »