اختلاف‌نظرها در دولت با آقای جهانگیری به عنوان نماینده‌ی پرقدرت اصلاح‌طلبان در کابینه و تلاش برای کاستن از قدرت و تعیین‌کنندگی وی در سناریوی اسعفای جهانگیری بسیار حائز اهمیت است و خود می‌تواند تأییدی باشد بر شکاف جدی دولت با اصلاح‌طلبان. علی‌رغم تکذیب اختلاف‌ها میان رئیس دفتر رئیس‌جمهور و معاون اول، برخی خبرها از جدی بودن اختلاف‌ها میان این دو حکایت دارد.
از زمانی که آقای اسحاق جهانگیری در جریان مناظرات انتخاباتی، از موضعی اصلاح‌طلبانه، تما‌م قد از دولت یازدهم و شخص آقای روحانی دفاع و حمایت کرد، توانایی‌های وی به عنوان نماینده اصلاح‌طلبان در مناظرات برای این جریان بیش از پیش نمایان شد و حتی این بحث مطرح شد که روحانی استعفا دهد و جهانگیری به عنوان نماینده اصلاح‌طلبان و دولت با رقبای اصولگرای خود به رقابت بپردازد. اما به هر حال، قرعه کار به نام آقای جهانگیری زده شد و وی در نهایت به نفع آقای روحانی از گردونه رقابت خارج شد. باتوجه به نقش مهمی که وی در پیروزی آقای روحانی داشت و به نوعی می‌توان گفت که اگر مواضع اصلاح‌طلبانه وی در دفاع از آقای روحانی نبود، شاید پیروزی روحانی با این میزان آرا دشوار و حتی غیرممکن بود. اصلاح‌طلبان انتظار داشتند تا با روی کارآمدن دولت دوازدهم، قدرت تعیین‌کنندگی اسحاق جهانگیری در رتق و فتق امور دولت، بویژه در انتخاب اعضای کابینه و مسئولان مختلف دولتی، بیشتر شود. با این وجود، ترکیب کابینه دوازدهم نشان داد که وزن اصلاح‌طلبی این کابینه نسبت به دور قبل نه تنها بیشتر نشده، بلکه کمتر هم شده است.
هم‌زمان با این اتفاق، برخی رسانه‌ها از کاهش قدرت جهانگیری و عدم مشورت با وی در چیدمان کابینه گمانه هایی مطرح کردند. رأی آوری کابینه در مجلس و روند اتفاقات بعدی که حکایت از نزدیکی بیشتر دولت به آقای علی لاریجانی بود، دل‌خوری و اعتراض بیشتر اصلاح‌طلبان از دولت را در پی داشت تا اینکه در روزهای اخیر، برخی اصلاح‌طلبان از احتمال استعفای جهانگیری سخن به میان آوردند و حتی برخی از آنها از وی خواسته بودند که استعفا دهد. در این زمینه، محمدعلی ابطحی، رئیس دفتر رئیس‌جمهور در دولت اصلاحات، در گفت وگویی گفته بود که اگر کاندیداتوری آقای جهانگیری قطعی است، باید از دولت جدا شود و فاصله بگیرد دراین صورت شرایط بهتری برای رای آوردن خواهد داشت. سایت مشرق نیز در گزارشی این موضوع را یک اظهار نظر شخصی ندانست و تأکید کرد: در برخی محافل اصلاح طلبی از استراتژی سخن به میان آمده است که در پی اجرای آن بایستی اسحاق جهانگیری از سمت معاون اولی کناره گیری کند تا جناح چپ بتواند در انتخابات ۱۴۰۰ دستان پری داشته باشد. روز پنج شنبه هم روزنامه اصلاح طلب آفتاب یزد در تیتر یک خود خطاب به جهانگیری نوشت: «استعفا بده». با این حال واعظی در هفته گذشته شایعه اختلافش با جهانگیری را رد کرده و گفته است: هیچ اختلافی نه در این 3ماه گذشته و بلکه 4 سال بین بنده و آقای جهانگیری نبوده است و بهترین رابطه را با هم داریم. خود جهانگیری البته تاکنون واکنشی به این حاشیه ها و شایعات نشان نداده است. به هر حال، درباره‌ی سناریوی استعفای جهانگیری می‌توان به چند نکته اشاره کرد:
1- یک گمانه در این زمینه از این قرار است که باتوجه به نزدیکی آقای روحانی به آقای علی لاریجانی و تلاش برای حمایت احتمالی روحانی از لاریجانی در انتخابات سال 1400، اصلاح‌طلبان متوجه شده‌اند که روحانی نمی‌تواند کارکرد «رحم اجاره‌ای» را برای آنها داشته باشد و آنها باید هرچه زودتر در این زمینه دست به کار شده و از هم‌اکنون تشکیل ائتلاف داده و به استحکام آن بیندیشند. درواقع، اصلاح‌طلبان با این محاسبه که در انتخابات سال 1400 به احتمال زیاد روحانی و طیفش از آنها حمایت نخواهند کرد، تصمیم گرفته‌اند که راه خود را از وی جدا کنند.
2- گمانه دیگری در این زمینه مطرح است و آن اینکه باتوجه به کارنامه‌ی نه چندان قوی دولت در حل مشکلات اقتصادی و عمل به وعده‌هایش، اصلاح‌طلبان درصدد هستند تا با وادار کردن آقای جهانگیری به استعفا و فاصله گرفتن از آقای روحانی، هزینه‌های عدم‌کارآمدی دولت به پای آنها نوشته نشود. این موضوع، بویژه باتوجه به اختلاف‌نظرهای پیش‌آمده‌ی اخیر میان دولت و اصلاح‌طلبان می‌تواند جدی‌تر تلقی شود.
3- اختلاف‌نظرها در دولت با آقای جهانگیری به عنوان نماینده‌ی پرقدرت اصلاح‌طلبان در کابینه و تلاش برای کاستن از قدرت و تعیین‌کنندگی وی در کابینه نیز متغیری دیگری است که در این زمینه حائز اهمیت است و خود می‌تواند تأییدی باشد بر شکاف جدی دولت با آقای جهانگیری و اصلاح‌طلبان. قابل‌ذکر است که علی‌رغم تکذیب اختلاف‌ها میان رئیس دفتر رئیس‌جمهور و معاون اول، برخی خبرها از جدی بودن اختلاف‌ها میان این دو حکایت دارد.
4- نکته دیگر اینکه احتمال دارد که اصلاح‌طلبان با طرح سناریوی استعفای جهانگیری درصدد هستند به دولت فشار آورده و وی را به نوعی در مقابل بدنه‌ی اجتماعی اصلاح‌طلبی قرار دهند که دو دور متوالی از روحانی حمایت کرده‌اند. درواقع، این احتمال دور از ذهن نیست که اصلاح‌طلبان با این اظهارات خود درصددند تا از طریق فشار از پائین بتوانند دولت را مجبور کنند، دامنه‌ی اختیارات جهانگیری را افزایش داده تا بیش از پیش به خواسته‌های اصلاح‌طلبان در دولت توجه شود.