جدايي ربيعي، آخوندي، کرباسيان، قاضي زاده و بطحايي از کابينه و طرح استعفاي صالحي وزير ارشاد، ظريف وزير خارجه و زنگنه وزير نفت نيز از وجود مناقشاتي در دولت دوازدهم حکايت دارد.
اختلاف در کابينه دولت اعتدال افزايش يافته است. استعفاي وزير آموزش و پرورش هرچند به نام حضور در انتخابات مجلس شوراي اسلامي صورت گرفت، اما تحليلگران اين ادعا را ضعيف ترين ادعا دانسته و اختلافات در کابينه را علت آن برشمرده اند. جدايي ربيعي، آخوندي، کرباسيان، قاضي زاده و بطحايي از کابينه و طرح استعفاي صالحي وزير ارشاد، ظريف وزير خارجه و زنگنه وزير نفت نيز از وجود مناقشاتي در دولت دوازدهم حکايت دارد.
اما ظاهرا کناره گيري‌ها به پايان نرسيده و بايد منتظر برخي تغييرات ديگر بود. در اين راستا علي تاجرنيا فعال سياسي اصلاح طلب چنين اظهار نظر کرده است:
»تغييرات و استعفاهاي رخ داده در بدنه دولت چند عامل دارد. مسئوليت و مديريت اجرايي در وضعيت کنوني اقتصاد کشور سخت شده است بنابراين وقتي اعتبارات به اندازه کافي تخصيص نمي آيد و توزيع منابع به درستي انجام نمي شود، وزارتخانه ها نمي توانند آن طور که بايد به انتظارات و مطالبات پاسخ بدهند.»
عضو شوراي مرکزي حزب اتحاد ملت با بيان اينکه در درون دولت ديگر مثل گذشته رضايتمندي از نقش آفريني و همکاري وجود ندارد، توضيح داد: «اخبار من از درون دولت حکايت از اين مي کند که يک مقدار اداره امور کشور براساس عقل جمعي کابينه دنبال نمي شود و تفکرات و نظرات فردي يا چندنفره بر تصميم گيري هيأت دولت سايه انداخته، اين اتفاق موجب مسئله دار شدن برخي اعضاي کابينه و عدم علاقمندي آنها براي پيگيري موضوعات شده است.»
وي افزود: «در مجموع امروز دولت نه در بين احزاب و جريان ها و نه در داخل خود هيچ مدافع و همراه جدي ندارد، حال آنکه وزراي دولت آقايان خاتمي و احمدي نژاد کاملا با تصميمات اتخاذ شده همراهي نشان مي‌دادند و از نظرات رئيس‌جمهور دفاع و خود را سپر بلا مي‌کردند اما اعضاي کابينه آقاي روحاني انسجام لازم و اهتمام جدي براي حمايت از برنامه هاي دولت ندارند و حتي بين وزرا اختلافاتي ديده مي‌شود.»
وي ادامه داد: «با توجه به تنزل خواهي و عافيت طلبي برخي وزرا و معاونان رئيس جمهور و اينکه دولت در اين مدت نشان داده براي اداره کشور تيم نيست؛ معتقدم در ادامه برخي افراد ديگر نيز از کابينه جدا خواهند شد. هر چقدر شرايط دشوارتر شود روند جدايي ها شدت بيشتري پيدا مي کند.»