ستاد کل نیروهای مسلح با انتشار اطلاعیه‌ای توضیحاتی را در خصوص ادعای وزیر اطلاعات درباره یکی از عناصر موثر در به شهادت رساندن شهید فخری‌زاده ارائه داد. متن این اطلاعیه به شرح زیر است: «به دنبال اظهارات و ادعای اخیر حجت‌الاسلام سید محمود علوی وزیر اطلاعات پیرامون مداخله یکی از کارکنان نیروهای مسلح در دست داشتن ترور و به شهادت رساندن دانشمند برجسته هسته‌ای و دفاعی کشور، شهید بزرگوار محسن فخری‌زاده، مرکز ارتباطات و تبلیغات دفاعی ستاد کل نیروهای مسلح اعلام می‌دارد اولاً فرد مورد ادعای وزیر اطلاعات در سال ۹۳ در حال آموزش بوده است و در همان سال به دلیل مشکلات اخلاقی و اعتیاد اخراج گردیده است. ثانیاً عضویت فرد مورد ادعا قطعی نبوده و روال نیروهای مسلح این‌گونه است که ارزیابی‌های حین آموزش، یکی از عوامل اصلی قطعیت در عضویت بوده که نامبرده به دلیل وجود مشکل اخلاقی و اعتیاد، به عضویت رسمی درنیامده و در حین آموزش اخراج گردیده است. ثالثاً وزیر اطلاعات حتماً می‌داند که وفق قوانین و مقررات، افراد اخراجی از نیروهای مسلح از جمله فرد مورد ادعای ایشان پس از اخراج در سال ۹۳ با نیروهای مسلح به طور کامل قطع ارتباط نموده و فاقد هویت نظامی می‌باشد به همین دلیل جرم امنیتی وی همانند سایر آحاد جامعه در حیطه مأموریت و مسئولیت وزارت اطلاعات قرار می‌گیرد. لذا انتظار می‌رفت وزیر محترم اطلاعات در اظهارات رسانه‌ای خود آن هم در پخش زنده، دقت بیشتری می‌نمود که بهانه‌ای به دست دشمنان جنایتکار نظام همچون آمریکا و رژیم جعلی صهیونیستی نمی‌داد و از جایگاه خطیر وزارت اطلاعات و سربازان گمنام امام زمان (عج) و شأن نیروهای مسلح مراقبت می‌کرد».