در بخشی از گزارش سازمان هواپیمایی آمده: هواپیما در اثر اشتباه کاربر سامانه دفاع هوایی مستقر در اطراف تهران به عنوان هدف متخاصم شناسایی و دو موشک به سمت آن شلیک شد؛ عملکرد پرواز نقشی در ایجاد خطا برای سامانه نداشته است.
اولین برخورد هواپیما پس از کاهش ارتفاع از منطقه مسکونی خلجآباد، با سقف یک آلاچیق در یک پارک تفریحی به نام لاله بوده است سپس بدنه هواپیما با زمین برخورد کرده و پس از عبور از یک زمین بازی فوتبال به طور کامل از هم گسیخته و در مزارع و باغات کشاورزی اطراف پخش شده و به آنها صدمه زده است.
بوئینگ ۷۳۷ در زمان سانحه تحت کنترل ترافیک مراقبت پرواز ایران قرار داشت و هماهنگی برای بخش نظامی برای صدور مجوز پرواز صورت پذیرفته بود. در زمان سانحه نیروی هوایی پدافند هوایی در سطح مراقبت بالاتر از معمول قرار گرفته بودند.