در خصوص سیاست جمهوری اسلامی ایران در قبال جمهوری آذربایجان باید میان سه حوزه تمایز قائل شد: مردم جمهوری آذربایجان، دولت باکو و نفوذ رژیم صهیونیستی در این کشور. جمهوری اسلامی ایران نسبت به نفوذ صهیونیست‌ها در کشور همسایه شمالی خود هیچ‌گونه مماشاتی را نمی‌پذیرد، اما در مواجهه با دولت آذربایجان و بویژه مردم آذربایجان در چهارچوب رابطه برادری و حسن‌همجواری عمل می‌کند. در قضیه جنگ 44 روزه سال گذشته قره‌باغ هم اگر جمهوری اسلامی به گونه‌ای موضع‌گیری کرد که در عمل به نفع جمهوری آذربایجان بود، این امر دو دلیل اساسی داشت:
1. قره‌باغ به لحاظ تاریخی جزو خاک آذربایجان محسوب می‌شود که ارمنی‌ها آن را به زور غصب کرده‌اند و جمهوری اسلامی در این مناقشه، از حقوق غصب‌شده‌ی آذریایجانی‌ها طرفداری کرد.
2. دوم این‌که آنچه ایران در جریان مناقشه سال گذشته قره‌باغ انجام داد، درواقع، حمایت از خواسته‌های مردم مسلمان آذربایجان به عنوان عمق راهبردی ایران در منطقه قفقاز جنوبی بود؛ زیرا مسأله‌ی قره‌باغ برای مردم آذربایجان جزو مسائل حیاتی و مهم محسوب می‌شود. در این میان، اگرچه موضع ایران به نفع دولت جمهوری آذربایجان هم بود، اما مخاطب اصلی ایران، مردم آذربایجان بودند.