اکنون دکتر بطحائی مسئولیتی در وزارت آموزش و پرورش ندارد و همچون باقی وزرای مستعفی دولت هیچ مسئولیتی نسبت به اقدامات انجام شده در دوره وزارتش بر این وزارتخانه ندارد و همانگونه که سابقه تاریخی نشان می‌دهد، وی نیز همچون وزاری پیشین صنعت، راه و شهرسازی و ... از تمامی اتفاقات دوران وزارتش تبرئه است.
۱۶ خرداد آخرین روز از مهلت قانونی کاندیدا‌های انتخابات مجلس شورای اسلامی برای استعفا از پست‌های مدیریتیشان بود که در این بین، خبر استعفای وزیر آموزش و پرورش بیشترین حاشیه را در رسانه‌های مکتوب و مجازی به همراه داشت.
در این روز، از یک طرف، برخی خبرگزاری‌ها مثل باشگاه خبرنگاران جوان به نقل از «منابع آگاه» این خبر را تکذیب کردند و برخی نیز باز به نقل از همان «منابع آگاه» این خبر را تأیید کردند.
البته خبر استعفای سید محمد بطحایی به همین تأیید و تکذیب‌ها خلاصه نشد، بلکه حواشی دیگری نیز داشت؛ در برخی خبر‌ها علت استعفای وزیر آموزش و پرورش، نارضایتی رئیس‌جمهور از عملکرد وی عنوان شد. باشگاه خبرنگاران جوان در واکاوی این خبر، گفت‌وگویی با یک «منبع آگاه» در آموزش و پرورش داشت که وی در این گفتگو مدعی شده بود، آقای بطحایی به دلیل این که مسائل این وزارتخانه از قبیل رتبه‌بندی فرهنگیان و معوقات آن‌ها به دلیل بار مالی در دولت مورد توجه قرار نگرفته، اقدام به استعفا کرده است.
اخباری نیز از کمیجانی، دبیر کل مجمع فرهنگیان در موضعی هماهنگ با گفتگوی فوق در رسانه‌ها مطرح شد که گفته است: "طرح رتبه بندی در جلسه روز یکشنبه هیئت دولت مطرح شده که هیئت دولت آن را رد کرده است و بطحایی در اعتراض به این موضوع استعفا داده است. "
فارغ از حواشی و شایعات رسانه‌ای این استعفا، باید گفت، علت حرف و حدیث‌های فراوان حول و حوش این موضوع، در چرایی استعفا از منصب وزارت برای کرسی نامعلوم نمایندگی نهفته است. واقعیت این است که وزارت آموزش و پرورش عیال وارترین وزارتخانه در جمهوری اسلامی ایران است. حجم میلیونی دانش آموزان، آمار بالای نیروی انسانی و معلمین عزیز کشور که ذیل این وزارتخانه تعریف می‌شوند، حجم بالای مدارس مختلف دولتی و غیر انتفاعی و موضوعات متعدد کاری، از یک طرف، وزارت آموزش و پرورش را جزو وزارتخانه‌های گسترده و موثر در فرهنگ و تربیت کشور قرار داده و از طرف دیگر به دلیل ارتباط مستقیم با شمار زیادی از خانواده‌های ایرانی و بدنه اجتماعی جامعه، آن را در میان انگشت‌شمار وزارتخانه‌های کشور که بخش زیادی از رفتار‌ها و عملکرد‌های آن جلوی چشم ملت است و ملت روزانه وضعیت آن را مشاهده و به آن نمره می‌دهند، قرار داده است.
به دلیل وجود همین وضعیت برای وزارت آموزش و پرورش، سید محمد بطحایی در طول دوره وزارتش و در موضوعات مختلف، همواره محل سوال نمایندگان مجلس، دولت و افکار عمومی بوده است؛ سوالاتی شامل، وضعیت استحکام مدارس کشور، نحوه فعالیت موسسات آموزشی کنکور، اجبار مدارس دولتی به دانش آموزان در خرید منابع کمک درسی، دریافت شهریه غیرقانونی از اولیا در مدارس دولتی و غیردولتی، نحوه اجرای سند چشم‌انداز آموزش و پرورش، بکارگیری مدیران متهم در جریان سوء استفاده‌های صندوق ذخیره فرهنگیان، تداوم حوادث آتش سوزی در برخی مدارس کشور و تلفات انسانی ناشی از آن، بدلیل عدم توجه به استاندارد‌های سیستم های گرمایش در مدارس و ... که برخی از همین موضوعات منجر به چندین مرحله استیضاح دکتر بطحایی توسط نمایندگان ملت شده بود.
تمامی این موضوعات دلیل محکمی بر اهمیت وزارت آموزش و پرورش و پاسخگو بودن وزیر تکیه زده بر صندلی ریاست آن دارد. با این حال در کنار موضوعات اشاره شده، به نظر می‌رسد این موضوع که بیش از سایرین وزیر مستعفی را در جایگاه پاسخگویی قرار می‌داد و به نظر می‌رسد این موضوع در استعفای وزیر، نقش پررنگی داشته باشد، وضعیت بد اخلاقی‌های پخش شده در فضای مجازی و صحنه‌های رقص و آواز دانش‌آموزان برخی مدارس کشور طی ماه گذشته است. این نوع رفتار‌های هیجانی ضد فرهنگی که از آن به تزریق شادی و روحیه بخشی به دانش آموزان یاد می‌شود، از اموری هست که در راستای اجرای سند ۲۰۳۰ در کشور، توسط برخی مدیران میانی دولت دنبال می‌شود. به نظر می‌رسد، بهترین و آسان‌ترین راهکار به جای پاسخگویی علت این نوع رفتار‌ها به ملت و عذرخواهی از قصور در ادای تکلیف و انجام وظیفه، استعفابه بهانه حضور در انتخابات مجلس شورای اسلامی باشد. اکنون دکتر بطحائی مسئولیتی در وزارت آموزش و پرورش ندارد و همچون باقی وزرای مستعفی دولت هیچ مسئولیتی نسبت به اقدامات انجام شده در دوره وزارتش بر این وزارتخانه ندارد و همانگونه که سابقه تاریخی نشان می‌دهد، وی نیز همچون وزاری پیشین صنعت، راه و شهرسازی و ... از تمامی اتفاقات دوران وزارتش تبرئه است، ولی با این حال، این سوال در پیش ملت و چشمان بیدار جامعه باقی می‌ماند، وزیری که پاسخگوی موضوعات متعدد وزارتخانه خود به ملت نشد، چگونه می‌تواند نماینده شایسته همین ملت در منصب قانونگذاری کشور شود؟