حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در این دیدار با تجلیل از برجستگی‌های علمی و فنی شهید فخری‌زاده و حضور سخت‌کوشانه آن دانشمند عالی‌مقام در میدان علم و عمل، گفتند: علوّ مقامی که خداوند با شهادت به آن بزرگوار عطاء کرد، مزد زحمات و اخلاص کم‌نظیر او بود و این مقام با هیچ‌یک از مقام‌های دنیوی قابل مقایسه نیست.
رهبر انقلاب اسلامی، عظمت یافتن نام شهید فخری‌زاده در میان عموم مردم و ابراز تأسف بسیاری از جوانان از ناشناخته بودن او در زمان حیاتش را از دیگر آثار اخلاص شهید دانستند.
ایشان همچنین گفتند: همسران شهدا در اجر آنها شریک هستند و از خداوند می‌خواهیم که صبر و آرامش خود را بر دلهای شما نازل فرماید و به توفیق الهی بتوانید حرکت خود را متناسب با شأن شهید ادامه دهید.
در این دیدار، همسر و فرزندان شهید فخری‌زاده با قدردانی از پیام محبت‌آمیز و روشنگر رهبر انقلاب اسلامی پس از ترور شهید فخری‌زاده، تبیین جریان فکریِ شهدای جهاد علمی و الگوسازی از آنان را مورد تأکید قرار دادند.