کارشناسان در جدیدترین ارزیابی خود با انتقاد از رویه حاکم بر مناطق ویژه اقتصادی تاکید کرده‌اند، با توجه به شرایط فعلی تجارت جهانی و اقتصاد کشور، توسعه کمی این مناطق در اولویت نیست، اما توسعه کیفی این مناطق می‌تواند با اتخاذ سیاست‌های حمایتی و اصولی تقویت شود. در این ارتباط، مرکز پژوهش‌های مجلس ضمن انتقاد از طرح ایجاد ۶۰ منطقه ویژه اقتصادی، اعلام کرده است که ایجاد مناطق جدید نباید محلی برای تامین اهداف غیراقتصادی باشد و رویه فعلی نیز نیازمند اصلاح است.
در ماده واحده طرح ایجاد مناطق ویژه اقتصادی، قید شده که این طرح به ایجاد مناطق ویژه اقتصادی در ۳۶ نقطه کشور می‌پردازد. بر این اساس طبق طرح حاضر حدود ۶۰ منطقه ویژه اقتصادی جدید علاوه بر تصویب بیش از ۱۰۰ منطقه ویژه اقتصادی در لایحه ایجاد مناطق آزاد و ویژه اقتصادی مصوب مجلس، ایجاد می‌شود. هریک از این مناطق نیز مطابق ماده ۸ قانون تشکیل اداره مناطق ویژه اقتصادی از معافیت حقوق گمرکی، سود بازرگانی و عوارض برخوردار بوده و از پرداخت مالیات ارزش افزوده نیز معاف است. مرکز پژوهش‌های مجلس در گزارشی اشکالات قانونی و تبعات اقتصادی طرح ایجاد مناطق ویژه اقتصادی را مورد بررسی قرار داده است. در بخش مقدمه گزارش بازوی نظارتی مجلس آمده است: مناطق ویژه اقتصادی، مناطقی با وسعت محدود بوده و در نواحی صنعتی و تولیدی و خارج از محدوده‌های جمعیتی شهری و روستایی قرار گرفته‌اند، از این رو نسبت به مناطق آزاد تجاری- صنعتی عملکرد تخصصی‌تر و با حاشیه کمتری داشته‌اند. با این حال با توجه به شرایط فعلی تجارت جهانی و اقتصاد کشور توسعه کمی این مناطق در اولویت نیست، اما توسعه کیفی این مناطق می‌تواند بیش از پیش با اتخاذ سیاست‌های حمایتی و اصولی تقویت شود. ایجاد حدود ۶۰ منطقه ویژه اقتصادی بدون در نظر گرفتن ملاحظات مربوط به توازن منطقه‌ای، آمایش سرزمینی و درآمد‌های دولت آثار بلندمدت و پایداری برای اقتصاد ملی نخواهد داشت. توجه به این نکته نیز لازم است که در حال حاضر از مناطق ویژه اقتصادی موجود و مصوب تقریبا بیش از نصف آن‌ها غیرفعال است. در بخش جمع بندی و پیشنهاد این گزارش آمده است: ایجاد مناطق ویژه اقتصادی جدید در شرایطی که کمتر از نیمی از آن‌ها غیرفعال هستند به لحاظ منطق، کارشناسی و علمی توجیه ندارد و باب شدن چنین رویه‌ای در مجالس و دولت‌های مختلف بدون انجام مطالعات همه‌جانبه کارشناسی و آثار بلندمدت آن به صلاح اقتصاد ملی نیست. نکته بعدی این است که طرح فعلی مغایر برخی مواد برنامه ششم توسعه بوده و نیازمند کسب دو سوم آرا جهت تصویب در کمیسیون‌ها و صحن علنی مجلس است و مغایر بند ۱۷ سیاست‌های اقتصاد مقاومتی مبنی بر افزایش سهم درآمد‌های مالیاتی خواهد بود، چراکه طبق قانون مناطق آزاد این مناطق از پرداخت مالیات و مالیات ارزش افزوده معاف هستند. از سوی دیگر ایجاد مناطق آزاد و ویژه اقتصادی جدید نباید محلی برای تأمین اهداف غیراقتصادی باشد و رویه فعلی نیز نیازمند اصلاح است.