حل و فصل بحران قره‌باغ برای جمهوری اسلامی ایران ضرورتی مهم و راهبردی است و در سیاست خارجی ایران از اهمیت بسزایی برخوردار است. ایران دست کم به چند دلیل مهم خواهان حل و فصل مناقشه قره‌باغ است:
1. عملیات نظامی در طول مرزهای ایران، خطری جدی برای امنیت جمهوری اسلامی محسوب می‌شود. به خصوص که طولانی شدن مناقشه و یا وقوع مجدد جنگ بین جمهوری آذربایجان و ارمنستان می‌تواند به حضور نیروهای نظامی کشورهای خارجی در منطقه بیانجامد. مسلماً چنین امری بر خلاف منافع و دکترین امنیتی جمهوری اسلامی ایران است.
2. طولانی شدن مناقشه می‌تواند به وقوع مشکلات اقتصادی و اجتماعی زیادی همچون مهاجرت و پناهندگی افراد جنگ زده منجر شود. ایران طی سال‌های پس از انقلاب میزبان حدود 4 میلیون پناهنده از افغانستان و عراق بوده که هر کدام از آنها مشکلات خاصی را برای کشور ایجاد کرده‌اند. این در حالی است که وقوع یک جنگ جدید میان جمهوری آذربایجان و ارمنستان می‌تواند موجب گسیل شدن سیل پناهندگان از این کشورها به مرزهای شمالی ایران شود. این پدیده برای جمهوری اسلامی چندان خوشایند نیست و می‌تواند ایران را با مشکلات متعددی مواجه نماید.
3. ممکن است جنگ جمهوری آذربایجان و ارمنستان به سود یکی از آنها تمام شود و موازنه قدرت در منطقه از بین برود. چنین امری به نفع ایران نیست؛ زیرا ایران خواهان توازن قدرت بین ارمنستان و آذربایجان است. به همین دلیل ایران همیشه از هر ابتکار عملی که با هدف حل و فصل کشمکش‌ها بدون هرگونه تغییر در مرزهای شناخته شده بین‌المللی باشد استقبال کرده است.
4. درگیری آذربایجانی ـ ارمنی ضمن اینکه ظرفیت درگیرسازی ترکیه و روسیه در حمایت از طرفین مناقشه را دارد، می‌تواند دسترسی کامل ایران به اروپا را مختل کند. بدون تردید، این رخدادها در راستای منافع ملی ایران قرار ندارد.
5. با توجه به پیوندها و ارتباط‌هایی که میان آذربایجان و ارمنستان با آمریکا و روسیه وجود دارد، ممکن است درگیری میان باکو و ایروان به برخورد مسکو و واشنگتن و حضور نظامی آنها در منطقه منجر شود. این موضوع نیز برای جمهوری اسلامی ایران که خواهان حل و فصل مناقشه بدون حضور قدرت‌های فرامنطقه‌ای است، تهدیدی مستقیم محسوب می‌شود.