«شهید صدر» همواره از برهان و استدلال، به نتایج وجدانی میرسند و در این گونه مسائل برهان با یافتههای وجدان سلیم هرگز متعارض نیست، بلکه بهعکس، برهان را برای تحکیم و تقویت یافتههای وجدان میآورد. شهید صدر، مسئله را ابتدا با حس درونی و وجدانی درک میکرد و سپس برای تقویت علمی آن، از برهان و استدلالهای منطقی استفاده میکرد. از این رو، محقق هرگز سختی و سنگینی برهانها و تطابق نداشتن آنها با ذوق و وجدان را احساس نمیکند.
برای نمونه، میتوان مطلبی را نقل کرد که شهید آن را در مناقشه با نظر «سکاکی» در مورد حقیقت معنای مجازی ذکر کرده است؛ چون سکاکی منکر این است که مجاز، استعمال لفظ در غیر معنای موضوعِله باشد، بلکه مجاز را نیز استعمال لفظ در معنای حقیقی خود میداند، منتهی آن معنا بر مصداق ادعایی دیگر تطبیق داده میشود. شهیدصدر ادله برهانی بطلان این نظریه را با دلیل وجدان تأیید کرده است: وجدان حکم میکند به اینکه اعطای صفتهای معنای حقیقی به چیزی بهصورت ادعایی، گاهی برخلاف قصد متجوز (کسی که سخن به مجاز میگوید) است؛ مثلاً کسی که میخواهد در زیبایی یوسف مبالغه کند و بگوید (یوسف ماه است)، هرگز در ذهنش این نیست که یوسف مانند ماه گرد است وگرنه زیبایی او بهمنزله یک انسان، از بین میرود؛ زیرا صفتهای ماه، سبب زیبایی خود ماه است نه چیز دیگر. براین اساس، مطلبی که سکاکی در مورد مجاز گفته، بیان کاملی برای معنای مجازی نیست.
این اندیشه بزرگ توانست براساس جمع بین ویژگی منطقی علمی استدلال از یک طرف و رعایت روشمندی صحیح و هماهنگ با هرعلم از طرف دیگر، در هریک از عرصههای معرفتی و علمی به روش علمی متناسب با طبیعت آن علم بدون تأثیرپذیری از روشهای بیگانه با آن علم را بهکار بندد.
ویژگی دیگر مکتب شهید صدر، این است که راههای استدلال ذوقی و عقلایی را تأسیس و قواعد و اصول آن را تقویت کرد، بهخصوص در آن بخش از مباحث فقهی که متکی بر برداشتها و نظریههای عرف یا ارتکازهای عقلایی است، روش فقهی واقعگرایانهای را برای استظهارهای فقهی ابداع کرد که بر مبنای آن، استظهارها از صرف ادعای محض یا مصادره به مطلوب خارج شده و به نظریاتی مستدل و اقناعکننده و بر پایهای واقعگرایانه تبدیل میشوند.
گفتنی است، بهندرت میتوان یافت که در یک شخصیت علمی هم گرایش به برهان و استدلال منطقی و هم ذوق فنی و حس عقلایی و عرفی با هم جمع شود؛ چه اینکه میبینیم علمایی که ممارست با علوم عقلی و برهانی دارند، گاهی نکات دقیق عرفی و ذوقی و عقلایی را رعایت نمیکنند و معمولاً آرا و نظریاتشان مبتنی بر آن اصطلاحات برهانی است که بدان عادت کردهاند. برعکس، بعضی از محققان علوم ادبی و مانند آنها را میبینیم که صنعت برهان و استدلالهای منطقی را بهخوبی اجرا نمیکنند؛ اما مکتب شهیدصدر این امتیاز را دارد و بین این دو ویژگی که کمتر با هم جمع میشوند، تلفیق کرده و توانسته است بین این دو، کاملاً سازگاری ایجاد کند و هریک را در جایگاه مناسب خود بهکار برد، بدون اینکه دچار لغزش یا ناهماهنگی شود.