سازمان «مجاهدین خلق» را در سال ۱۳۴۴ سه نفر از اعضای نهضت آزادی ایران تأسیس کرده و فعالیت سیاسی خود را در مواجهه مسلحانه با رژیم شاه آغاز کرده بودند. اعضای مجاهدین خلق که جمعی از جوانان مبارز مسلمان بودند، برخلاف نهضت آزادی و جریانهای گرد آمده در جبهه ملی، اعتقاد داشتند که با کوتاه آمدن در مقابل شاه و نقد صرف نمیتوان کار مبارزه را پیش برد؛ از همین رو تفسیر رادیکالی از اسلام را برگزیدند و تشکیلات خود را با مشی مسلحانه راهاندازی کردند. شعار «فضلالله المجاهدین علی القاعدین اجرا عظیما» در برخی ادوار فعالیت این سازمان زینتبخش نشریات و روزنامههای وابسته به آن بود. این سازمان بر سه اصل «مبارزه مسلحانه»، «ضرورت تشکیلات» و «مکتبی یا ایدئولوژیک بودن مبارزه» تأکید داشت.
سازمان مجاهدین خلق با اوجگیری نهضت هرچند در ظاهر همگام با انقلابیون علیه پهلوی مبارزه کرد؛ اما پس از پیروزی انقلاب، بیش از پیش اختلافاتش با خط امام(ره) هویدا شد. مهمترین اختلاف مبنایی را باید در عدم تبعیت و پذیرش واقعی رهبری حضرت امام(ره) در انقلاب اسلامی دانست. در همان روزهای نخست که بحث بر سر اصل ولایت فقیه شکل گرفت، سازمان مخالفت کرد و این چنین بود که کمکم تفاوت رویکردها علنی شد.
تحریک مرحوم آیتالله طالقانی و دستاویز قرار دادن او پروژهای بود که منافقین کلید زدند. آنها مرحوم طالقانی را قبول نداشتند، اما او را برای رسیدن به قدرت و تضعیف جایگاه رهبری حضرت امام(ره) میخواستند. امام(ره) همان زمان تصریح کردند: «خود آنها با آقای طالقانی مخالفند. هر روزی که دستشان برسد سر او را میبرند و سر امثال او را! لکن حالا بهانه دستشان افتاده است که مثلاً آقای طالقانی رفتهاند بیرون! ای بهانه دستشان افتاده و آن بساط را در مدرسههای ما و در خیابانهای ما اینها درست کردند و برای کمیتهها شروع کردند تبلیغات سوء کردن. اینها یک دستهای هستند که فردا هم یک چیز دیگر پیش میآورند.»(29/1/1358) در آن زمان آیتالله طالقانی به دنبال دستگیری دو فرزندش به نشانه اعتراض چند روزی از تهران بیرون رفته بود و این مسئله نیز بهانهای در دست سازمان مجاهدینیها بود.
خصوصیت دیگر منافقین تفسیر به رأیهای عجیب و غریبی بود که از قرآن کریم برای پیشبرد اهداف سازمان ارائه میشد. امام(ره) در مواجهه با چنین اقدامات انحرافی منافقین ایستادند و از آنان خواستند تا خود را تسلیم اسلام و قرآن کنند؛ ایشان در یکی از اظهاراتشان میفرمایند: «اولی الامر امروز دولت ما و ما هستیم. بر شما واجب است به حکم اسلام که تبعیت کنید؛ و به حکم قرآن، به حسب رأی علمی خودتان، به حسب رأی مشایخ خودتان. شما اگر چنانچه مسلمان هستید، چرا تبعیت از قرآن نمی کنید؟ چرا به حسب آنطوری که علمای شما استفاده کردهاند از آیه شریفه «اطیعوا الله و اطیعوا الرسول و اولی الامر منکم» اطاعت نمیکنید؟»(2/6/1358) در واقع امام با بیاناتی از این دست ادعای مسلمان بودن و انقلابی بودن منافقین را به چالش کشیدند.
امام(ره) در ادامه از مدارایی که با سازمان مجاهدین شده است، سخن به میان آوردند و تأکید کردند به دنبال فتنهافکنیهای سازمان مجاهدین دیگر مجالی برای مدارا نیست. ایشان به صراحت فرمودند: «ما تا کنون برای اینکه به مردم عالَم بفهمانیم و بفهمند مردم که ما با چه اشخاصی مقابله داریم، ما آزادی دادیم به آنها.» ایشان خطاب به منافقین ادامه دادند: «در عین حالی که به همه مقدسات ما توهین کردید، در عین حالی که با حکومت آن طور رفتار کردید و با اسلام آنطور رفتار کردید در مطبوعاتتان، مع ذلک به شما تعرض نشد. تا آنکه فتنه را دیدیم و فهمیدیم شما فتنهگر هستید، شما منافقینی هستید که میخواهید فتنه بکنید، منافقینی هستید که توطئه کردید بر ضد اسلام، توطئه کردید بر ضد کشور، توطئه کردید بر ضد ملت؛ شما اشخاصی هستید که با سرحدّات و با خارج روابط دارید؛ رفت و آمد شما تحت کنترل است... بعد از اینکه توطئه شما ثابت شد و مردم فهمیدند شما چه اشخاصی هستید، دیگر نمیتوانیم اجازه بدهیم آزادانه هر کاری میخواهید بکنید، شما را سرکوب خواهیم کرد!»(2/6/1385)
به دنبال بهانهجوییها و تفرقهافکنیهای سازمان مجاهدین، موضع انقلابیون و امام نسبت به آنها صراحت بیشتری پیدا کرد. در انتخابات اول ریاستجمهوری «مسعود رجوی» کاندیدا شده بود که با استفتایی از امام(ره) از دور رقابتها خارج شد. امام(ره) در پاسخ مرقوم فرموده بودند: «كسی كه به قانون اساسی رأی مثبت نداده، صلاحیت ریاست جمهوری ایران را ندارد.» چون منافقین به واسطه انتقاداتی که به قانون اساسی داشتند و آن برگرفته از روح قانون اساسی یعنی حاکمیت الهی بود، از رأی مثبت به قانون اساسی خودداری کرده بودند، از رقابتهای سیاسی نیز بازماندند.
با این همه و در حالی که سازمان مجاهدین اسلحه به دست گرفته بود، امام باز هم بارها و بارها از باب نصیحت سخن راندند تا بلکه به خود آیند و از راه خطای خویش بازگردند. امام(ره) فرمودند: «آنهایی که این طور هم با قلمهایشان، علاوه بر تفنگهایشان، با ما معارضه دارند ما به آنها کرارا گفتهایم و حالا هم میگوییم که مادامی که شما تفنگها را در مقابل ملت کشیدهاید، یعنی در مقابل اسلام با اسلحه قیام کردهاید، نمیتوانیم صحبت کنیم و نمیتوانیم مجلسی با هم داشته باشیم. شما اسلحهها را زمین بگذارید و به دامن اسلام برگردید، اسلام شما را می پذیرد و اسلام هوادار همه شماها هست... ما میخواهیم با آغوش باز همه گروههایی که هستند، بپذیریم و همه منحرفین را میل داریم که به استقامت برگردند. اسلام برای همین آمده است.»(21/2/1360)
با این همه باز هم منافقین از مسیر خود باز نگشتند و دامنه ناآرامیها را بیشتر و بیشتر کردند تا آنجا که در ۳۰ خرداد ماه ۱۳۶۰ عملاً علیه نظام اسلامی و با هدف براندازی دست به اسلحه بردند و در ترورها و انفجارهای متعدد، جمع کثیری از انقلابیون را به شهادت رساندند.