در زمستان 1358 با تعيين تکليف رياست جمهوری، نوبت به ايستگاه پايانی، يعنی تعيين نمايندگان مجلس رسيده بود تا همه ارکان مردمسالاری تکميل شود. حضرت امام(ره) تأکيد داشتند که بلافاصله مقدمات انتخابات مجلس فراهم شود و کار در همان سال 1358 به پايان رسد. حضرت امام(ره) در حالی که به تازگی از بستر بيماری جدا شده و همچنان در بيمارستان قلب تهران به سر میبرد، ضمن تشکر از مردم شريف ايران به دلیل خلق حماسه در انتخابات رياست جمهوری در پيامی اعلام داشتند: «سرفرازی و مباهات آنگاه به حد كمال خواهد رسيد كه در انتخابات مجلس شورای اسلامی، چون انتخابات رياست جمهوری كمال رشد انسانی ـ اسلامی خود را نشان دهيد. شما ای ملت عزيز كه برای خدا و جلب رضای او به پا خاستيد و با تأیيد و توفيق ذات مقدسش به پيروزی معجزهآسا رسيديد، اكنون نيز در اين مرحله كه مقام امتحان است، كوشش كنيد كه مصالح اسلام و كشور اسلامی را فدای منافع شخصی يا گروهی نكنيد.»
حضرت امام(ره) تلاش کردند تا ضمن دعوت مردم به مشارکت حداکثری، دقت ملت را در انتخاب بهترينها بالا ببرند. لذا با تأکيد بر اينکه «اين قدم آخری است كه ملت ما بايد با شايستگی هرچه تمامتر اين قدم را بردارند» آرزو میکنند که مردم «وكيلهايی كه آراسته هستند به اخلاق خوب، متعهد هستند به اسلام، وفادار هستند به كشور خودشان، خدمتگزار هستند به شما و به كشور، آن اشخاص را انتخاب كنند و در مجلس بفرستند.»
اولين گام درباره برگزاری انتخابات مجلس شورای اسلامی، تدوين قانون انتخابات مجلس بود، لذا تيمی در وزارت کشور مشغول تهيه اين قانون شدند و پس از تهيه آن، اين قانون به تصويب شورای انقلاب رسيد. با انتشار اين قانون در ۱۸ بهمن 1358 فرآيند اجرايی انتخابات کليد خورد. متأسفانه، جريانی که مايل نبود حضور گسترده مردم در صحنه انتخابات را ببيند و از رأی و انتخاب آنان واهمه داشت، از همان ابتدای کار بر طبل اختلاف و تشتت و درگيری و واگرايی و تحريم انتخابات کوبيد و تلاش کرد مردم را از حضور در پای صندوق رأی نااميد کند.
حضرت امام(ره) در اين انتخابات نيز نگران مکر همين جريانهای مافيايی بود که همسو با استکبار جهانی در حال دلسرد کردن مردم برای شرکت در انتخابات بودند! لذا در حالی که همچنان مريضاحوال بوده و به تازگی از بيمارستان قلب مرخص شده بودند، در پيامی به ملت مینويسند: «خوف آن دارم كه در اثر تبليغات دامنهدار دشمنان نهضت اسلامی و مخالفان جمهوری اسلامی كه در ظرف اين يک سال با هر وسيله ممكن به تضعيف آن كوشا بودهاند، و اخيراً كه قدم آخر پيروزی را ملت عزيز هوشيار برمیدارد، تبليغات و شايعهسازیها به اوج خود رسيده، و چون خود و الهامدهندگان خود را در آستانه شكست نهايی يافتهاند، از هيچ تشبثی دستبردار نيستند كه جوانان عزيز ما كه به همت والای خود نهضت اسلامی را پيش بردهاند، در اين مرحله نهايی سردی و سستی از خود نشان دهند و تحت تأثير اين شايعهها واقع شوند، و از شركت در اين امر حياتی اسلامی خودداری كنند. اينجانب كه عمر نالايق خود را برای خدمت به اسلام و ملت شريف در طَبَق اخلاص تقديم میكنم، اميد است تقاضای متواضعانه و استدعای خيرخواهانهام را بپذيريد، و با شركت عمومی خود در انتخابات، قطع اميد دشمنان جمهوری اسلامی و وابستگان به رژيم منحط سابق و هواخواهان آن؛ خصوصاً دولت آمريكای ستمكار را بنماييد. عزيزان من! كه اميد نهضت اسلامی به شماست، در روز تعيين سرنوشت كشور به پاخيزيد و به صندوقها هجوم آوريد و آرای خود را در آنها بريزيد، و با كمال آرامش و مراعات كامل اخلاق انسانی ـ اسلامی، اين امر مشروع را انجام دهيد. من نيز با حال نقاهت، خود را برای شركت مهيا مینمايم.» خوف ديگر امام(ره) آن بود که «تبليغات برای اشخاص كه به اسلام و جمهوری اسلامی اعتقاد ندارند و اعمال و گفتار آنان در اين يک سال شاهد آن است، و اكنون برای راه پيدا كردن به مجلس و برای كارشكنی و جنجال در محيط مقدس مجلس شورای اسلامی، خود را هوادار اسلام و مسلمانان جا میزنند، در قشری از ملت و جوانان پاكدل تأثير كند و آرای مقدس خود را به كسانی دهند كه به نفع اجانب، با اسلام و جمهوری اسلامی مخالفت اساسی دارند.»
فردای آن روز حضرت امام(ره) در برابر دوربينهای رسانه ملی قرار گرفته و با پيامی خطاب به ملت از مجلس تشريفاتی دوران پهلوی ياد کرده و از مردم میخواهند که نقش تاريخی خود را برعهده گيرند و هشدار میدهند که: «ملت اگر كنار بنشينند، اشخاص مؤمن، اشخاص متعهد كنار بنشينند، و اشخاصی كه نقشه كشيدهاند برای اين مملكت از چپ و راست، آنها وارد بشوند در مجلس، تمام مسئوليت به عهده ملت است. هر قدمی كه بر ضد اسلام بردارند، در نامه اعمال ملت نوشته میشود. هر كاری كه انجام بدهند مسئوليتش متوجه ملت است. امروز سرنوشت اسلام و سرنوشت مسلمين در ايران و سرنوشت كشور ما به دست ملت است و اگر مسامحه كنند در اين امر، اهمال كنند، نروند و رأی ندهند، مسئوليت متوجه خود آنهاست عيناً.»
سرانجام زمان انتخابات فرا رسيد و براساس آمار موجود، جمعيت واجد شرايط ۲۰ ميليون و ۸۵۷ هزار و ۳۹۱ نفر اعلام شد که از اين تعداد ۱۰ ميليون و 8۷۵ هزار و ۹۶۹ نفر (برابر با 52.14 درصد واجدان شرايط) در کل کشور شرکت کردند. در اولين مرحله انتخابات، ۹۷ نفر از سراسر کشور موفق به کسب اکثريت مطلق آرا شدند و در مرحله دوم انتخابات نيز ۱۳۷ نفر به مجلس راه يافتند.