تاريخ ايران، ميرزا تقي‌خان اميرکبير را رادمردي اصلاحگر مي‌داند که عاشق پيشرفت و تعالي ايران بود و جان بر سر دفاع از آزادي و استقلال کشور گذاشت.
مورخان عموماًً درباره اخلاق وارسته و درايت و کفايت سياسي اميرکبیر، اتفاق نظر دارند و در شرح خدمات بزرگ او در عرصه‌هاي سياسي، اقتصادي، نظامي و قضايي و تکاپوي مؤثرش در اصلاح امور شهري و اخلاق مدني، اخذ دانش و تجارب مثبت غربي و تقويت بنيادهاي صنعت و اقتصاد ملي داد سخن دادهاند. گفتنی است، بر همه این موارد، بايد مدارا و رواداري وي با اقليتهاي رسمي کشور و تلاش در حفظ حقوق شهروندي آنان را افزود.
آن هنگام که بابيان در اواخر دوران محمدشاه در مناظره‌هاي علمي عاجز ماندند، دست به فتنه‌انگيزي زدند و مسلمانان را در شهرهاي زنجان، تبريز، يزد و روستاهاي مازندران قتل‌عام کردند که از جمله وقايع دردناک بود. در اين هنگام اميرکبير، آن اقدام مبارک را در سرکوب بابيان انجام داد که فرقه‌اي ساخته و دست‌پرورده استعمار بريتانيا بود. او به واسطه حمزه ميرزا، حاکم تبريز فتاوایي از علماي شيخيه آن ديار گرفت و باب به همراه محمدعلي زنوزي در سال ۱۲۶۶ در تبريز به دار آويخته شدند.
هرچند امروز براي اهل تحقيق روشن است که فرقه بهائيت با استعمار بريتانيا پيوند داشته و دارد و ابزاري «مذهب‌گونه» در جهت بسط تفکر ليبراليستي غرب است؛ اما اين روشنايي امروزين در آن روز آغازين وجود نداشت و اميرکبير با درايت و بصيرت، هم از نظر بدعت در دين و هم از پيوند آنان با دولت بريتانيا، آنها را خطرناک تشخيص داد و به سرکوب و دفع فتنه پرداخت؛ از این رو بهائيان کينه و عداوت خاصي از اين مرد بزرگ به دل گرفته‌اند.
بهائيان در آغاز مورد توجه دو دولت انگليس و روس بوده و از حمايات بي‌دريغ هر دو بهره مي‌بردند. از اين رو بهائي‌ها دولت انگليس را دولت «فخيمه»، دولت قاجار پس از اميرکبير را دولت «عليه» و دولت روس را دولت «بهيه» ناميدند. آنان به عکا رفتند تا بعدها در پيوند با يهود صهيونيسم همچنان زير چتر حمايت بريتانيا باقي بمانند.
اميرکبير با سرکوب قاطع فتنه بابيان و اعدام باب و تبعيد بهاء همراه با انجام برخي اصلاحات سياسي ـ اجتماعي در کشور در چند سال نخست سلطنت ناصرالدين شاه، براي هميشه راه را برای پيشرفت اين گروه در تاريخ ايران بست. اين نقش بي‌بديل وی از چشم بابيان و بهائيان مخفي نماند و او را آماج کينه‌توزي و فحاشي خود قرار دادند.
به گفته نورالدين چهاردهي، «بابي‌ها و بهائيان سرسخت دشمن آشتي‌ناپذيرند؛ کذا و ميرزا تقي‌خان اميرکبير و ناصرالدين شاه را لعن می‌فرستند و اين دو تن را مانند يزيد و شمر مي‌نگرند». سخن دکتر فريدون آدميت نيز مؤيد اظهارات چهاردهي است: «امير شورش بابيه را برانداخت.»
شيل، وزير مختار انگليس در ايران، در گزارش به «پالمرستون» وزير خارجه لندن، تاریخ ۱۴ مارس ۱۸۵۱ می‌گوید: پس از غائله بابيان در زنجان، پيروان باب جرئت نکردند صلح و امنيت عمومي را بر هم بزنند؛ اما بيکار ننشستند و پنهاني فعاليت داشتند و تا زماني که اختلالي ايجاد نمي‌کردند، کسي را با آنان چندان کاري نبود، البته کينه امير را در دل داشتند؛ کينه‌اي که هنوز در نوشته‌هاي هم‌کيشان آنان و بهائي و بهائيزادگان در ايران و آمريکا، هنوز منعکس است. بابيان توطئه کشتن شاه، امير و امام جمعه تهران را چيدند، ولي امير پرده از روي آن برداشت و آن توطئه را در نطفه خفه کرد.
عباس افندي مينويسد: «ميرزا تقي‌خان امير نظام ... سمند همت را در ميدان خودسري و استبداد بتاخت. اين وزير، شخصي بود بيتجربه و از ملاحظه عواقب امور آزاده. سفاک و بيباک و در خونريزي چابک و چالاک. حکمت حکومت را شدت سياست دانست و مدار ترقي سلطنت را تشديد و تضييق و تهديد و تخويف جمهور ميشمرد و چون اعلي‌حضرت شهرياري ناصرالدين شاه در سن عنفوان شباب بودند، وزير به اوهامات غريبه افتاد و... بي مشورت وزراي دورانديش، امر به تعرض بابيان کرد...»!
شوقي، نوه و جانشين عباس افندي در هتاکي به امير، راه جدش را رفته و در لوح قرن وي را «اتابک سفاک بيباک» و «امير سفاک» خوانده و مينويسد: «اتابک اعظم، تقي سفاک و بيباک که حکم اعدام سيدعالم را صادر نمود و جمعي از اصحاب را در مازندران و تبريز و زنجان و طهران شربت شهادت بنوشانيد، دو سال بعد... به سخط شهريار پرکين مبتلا گشت و در حمام فين به اسفل‌السافلين راجع شد. برادرش که در اين عمل فظيع شريک و سهيم گشت در همان ايام به دارالبوار راجع شد».
او امير را «وزير بي‌تدبير»! خوانده و پس از شرح اعدام باب به اهتمام او و برادرش (وزير نظام) مي‌گويد: «امير نظام سفاک و بيباک، محرک اصلي شهادت حضرت اعلي باب... دو سال پس از اين واقعه هائله با برادرش که همدست و معاضد او بود، به هلاکت رسيد و جزاي اعمال سيئه خويش را به رأي‌العين مشاهده نمود».
به همين شکل، مورخان مشهور بهائي، نظير ابوالفضل گلپايگاني، اشراق خاوري و فيضي در آثارشان امير را از طعن و دشنام بي‌نصيب نگذاشته‌اند. محمدعلي فيضي، امير را با عنوان «امير مغرور» فرو کوفته و ابوالفضل گلپايگاني با اطلاق عنوان «سفاح» (خونريز) و «به غايت مستبد» بر اميرکبیر می‌تازد.
سرانجام دشمني امثال ميرزا آقاخان نوري، نخست‌وزير خائن، بي‌کفايت، جيره‌خوار انگليس و مهدعليا و... و ناداني ناصرالدين شاه سبب شد تا در ۲۰ محرم ۱۲۶۸ هجري قمري، اميرکبير از صدارت عزل شود و در ۲۵ محرم از امارت نظام و از تمام مشاغل دولتي برکنار و چند روز بعد به کاشان تبعيد شود. سرانجام به فرمان احمقانه ناصرالدين شاه به طرز فجيعي در حمام فين کاشان جام شهادت را نوشید.
