آنچه به نام حکم حکومتی از سوی حاکم اسلامی صادر می‌شود، به جز احکام ثانویه و احکام اجرایی است. عناوین احکام ثانویه در علم فقه ذکر شده است. عناوینی همچون ضرر، حرج، تسلط کفار، اضطرار و اجبار و... همه از زمره عناوینی هستند که موضوعات احکام ثانوی، منوط به تحقق آنهاست؛ اما حکم حکومتی لزوماً برخاسته از این عناوین نیست؛ بلکه وسیع‌تر از اینهاست و شامل مصلحت هم می‌شود. گاهی یک موضوع خاص که حکم مشخصی هم در اسلام دارد، موجب ضرر یا حرج نیست؛ اما حاکم اسلامی با اختیاراتی که دارد و بر اساس تشخیص مناسبات اجتماعی، اقتصادی و سیاسی و با استناد به مصلحت نظام یا مصلحت مسلمین، آن حکم را به صورت موقت تعطیل می‌کند یا حکمش را تغییر می‌دهد. باید به این نکته توجه کرد که «مصلحت» در فقه جواهری به مثابه یکی از عناوین حکم ثانوی‌ـ در کنار ضرورت و ضرر و حرج و اضطرار و...ـ مطرح نمی‌شود. حتی برخی معتقدند، اگر حاکم شرع با استناد به مصلحت، حکمی را صادر کند، در دام قیاس و استحسان و... افتاده است؛ هر چند این تحلیل از اساس اشتباه است ،زیرا حکمِ حاکم شرع، حکم شرعی نیست که استفاده از این موارد را برنتابد. برای نمونه، استفاده از قیاس و... برای اجتهاد ممنوع است؛ اما برای صدور حکم حکومتی که مانند حکم شرعی منتسب به شارع نیست، مشکلی ندارد. کما اینکه امامین انقلاب هم با استناد به مصلحت نظام و مصلحت مسلمین و حتی مقاصد و اهداف عالیه شرع، این حکم را ضابطه‌مند می‌کنند. نکته بسیار مهم، نسبت حکم حکومتی با احکام شرع است که از نگاه امام، با توجه به اینکه ولایت فقیه از احکام شرع هم مهم‌تر و بلکه حاکم بر آنهاست، می‌توان فهمید که حکم حکومتی چه منزلتی نسبت به احکام شرع دارد. از نظر امام(ره) تطبیق عناوین ثانویه، همچون اضطرار و حرج از وظایف مجلس شورای اسلامی است و نیازی به اعمال حکم حکومتی از جانب ولی فقیه ندارد. لذا حکم حکومتی که صدور آن در اختیار ولی فقیه است، از نظر امام خمینی(ره)، چیزی به جز تشخیص عناوین ثانویه است. به عبارت دیگر، می‌توان گفت آنچه در اختیار ولی فقیه است، تشخیص موضوعات احکام حکومتی است که ناظر به مصلحت نظام و مصلحت اسلام و مسلمین در سطح تزاحم بین احکام است. مجلس شورای اسلامی نمی‌تواند به تعطیلی حج بر اساس مصالح اسلام و مسلمین حکم بدهد. صدور این حکم در اختیار ولی فقیه جامع‌الشرایط است که با بررسی جوانب، می‌تواند حج را در مواقعی که مخالف صلاح کشور اسلامی است، به صورت موقت تعطیل کند. در نتیجه می‌توان گفت، یکی از مواردی که مصلحت در آنجا مطرح می‌شود، صدور حکم حکومتی است و این مصلحت به استنباط حکم شرعی و صدور فتوی ربطی ندارد و البته این مصلحت، لزوماً منطبق بر احکام ثانویه مذکور در فقه نیست و بیشتر با بحث تزاحم و تقدیم اَهَم بر مهم قرابت دارد.
