یکی از انتقادات جدیای که به کمیسیون حقوق بشر سازمان ملل وارد میشود، ترکیب اعضای آن است؛ خصوصا اینکه ادعا میشود چندین کشور عضو این کمیسیون از سوابق مطلوبی در زمینه حقوق بشر در سطح بینالمللی برخوردار نیستند و حتی در برخی دورهها چنین کشورهایی به ریاست کمیسیون نیز انتخاب شدهاند.
در مه 2001، ایالات متحده که از زمان تاسیس این کمیسیون در سال 1947 عضویت آن را همواره داشته است به دلیل اکراه در پذیرش اساسنامه دادگاه کیفری بینالمللی از کمیسیون اخراج شد، اما در سال 2003 مجددا به عضویت آن پذیرفته شد.
در 4 مه 2004 سیشان سیو، نماینده آمریکا به کمیسیون در اعتراض به انتخاب سودان به عضویت کمیسیون جلسه کمیسیون را ترک کرد و این انتخاب را پوچ و بیمعنا خواند چرا که معتقد بود سودان با توجه به پاکسازی قومی در دارفور معضل بزرگی در عرصه حقوق بشر دارد. گروههای فعال نگرانی خود را بارها از عضویت چین، کوبا، ایالات متحده و پاکستان و عضویت پیشین کشورهای چون الجزایر، سوریه، لیبی و ویتنام در کمیسیون ابراز داشتهاند.
این کشورها بارها متهم به نقض حقوق بشر شدهاند و نگرانی اصلی همواره این بوده است که این کشورها برضد قطعنامههای کمیسیون در محکومیت نقض حقوق بشر اقدام کنند که این امر به صورتی غیر مستقیم استبداد و ستم داخلی را تشدید میکند. با توجه به این انتقادات بوده است که پیشنهاد جایگزینی کمیسیون حقوق بشر با شورای حقوق بشر از سوی کوفی عنان، دبیرکل سازمان ملل در گزارش خود که برای اجلاس سران کشورهای عضو سازمان در سپتامبر 2005 تهیه شده بود، مطرح شد.
در همین راستا تاکنون جلسات و نشستهای مختلفی توسط نمایندگان کشورهای مختلف برگزار شده است تا درباره چند و چون شورای جدید به توافق برسند و هدف این است که این اتفاقنظر تا پیش از آغاز اجلاس سالانه کمیسیون در ماههای مارس / آوریل حاصل شود. در ماه جاری نیز نشستی 5 روزه در همین راستا برگزاری شد که از 11 ژانویه آغاز و تا 16 ژانویه طول خواهد کشید.
یکی از نتایج عمده انتخاب سودان به عضویت کمیسیون عبارت بوده است از فقدان تمایل برخی از کشورها برای همکاری با کمیسیون.
نکتهای که مخالفان کشورهیای مانند سودان در کمیسیون به عنوان نمونه بدان استناد میکنند این است که آنها میگویند در 30 ژوئیه 2004 این شورای امنیت سازمان ملل و نه کمیسیون بود که قطعنامههای برضد سودان مبنی بر این که اگر وضعیت منطقه دارفور ظرف 30 روز آینده بهبود نیابد، خارطوم با تحریمهایی مواجه خواهد شد، تصویب کرد.
شورای امنیت این قطعنامه را با 13 رای موافق و 2 رای ممتنع چین و پاکستان تصویب کرد. در ضمن در کمیسیون حقوق بشر فعلی نقض حقوق بشر در کشورهای شمال صنعتی از جمله، موارد مرتبط با شکنجه، دستگیرکردنهای خودسرانه، مهاجرت و غیره به ندرت با چالش مواجه شدهاند. به عنوان مثال کمیسیون قادر نبوده است به توافقی بر سر اعمال هرگونه تحریمی برضد آمریکا به خاطر رفتار ضدانسانی با زندانیان ابوغریب و زندانیان گوانتانامو دست یابد.
بد نیست اشارهای به ساختار کمیسیون حقوق بشر سازمان ملل متحد (NUVHR) داشته باشیم. UNCHR کمیسیونی کارکردی در درون چارچوب کلی سازمان ملل است. این کمیسیون یکی از زیرمجموعههای شورای اقتصادی و اجتماعی ملل متحد (ECOSOC) است و در فعالیت خود با «اداره کمیسیونر عالی ملل متحد برای حقوق بشر «UNHCHR» همکاری دارد.
UNCHR مکانیسم اصلی و مجموعه بینالمللی سازمان ملل در ارتباط با ارتقای و حمایت از حقوق بشر است. کمیسیون حقوق بشر سازمان ملل در سال 1946 در اولین نشست شورای اقتصادی و اجتماعی بنیان نهاده شد و یکی از اولین کمیسیونهای کارکردی ایجاد شده در چارچوب ملل متحد بود. کمیسیون دیگری که از اولین کمیسیونهای ملل متحد محسوب میشود «کمیسیون وضعیت زنان» میباشد.
کمیسیون حقوق بشر براساس مفاد منشور ملل متحد خصوصا ماده 68 منشور ایجاد شد و بسیاری از دولتهای عضو سازمان ملل به اساسنامه کمیسیون پیوستهاند. کمیسیون از نمایندگان 53 دولت عضو که به وسیله اعضای شورای اقتصادی و اجتماعی برگزیده میشوند تشکیل شده است. در کمیسیون هیچ عضو دایمی وجود ندارد و هر سال معمولا در ماه مه تقریبا یک سوم دولتهای عضو کمیسیون انتخاب میشوند. اعضا برای سه سال برگزیده میشوند. دولتهای عضو کمیسیون عموما براساس سهمیهبندی منطقهای انتخاب میگردند. در حال حاضر ترکیب دولتهای عضو کمیسیون به ترتیب ذیل است:
الف) 15 کشور از قاره آفریقا: بورکینافاسو، کنگو (برازاویل)، مصر، اتیوپی، اریتره، گابون، گینه، کنیا، موریتانی، نیجریه، آفریقای جنوبی، سودان، سوازیلند، توگو و زیمبابوه.
ب) 12 کشور از آسیا: بوتان، چین، هند، اندونزی، ژاپن، مالزی، نپال، پاکستان، قطر، جمهوری کره، عربستا سعودی و سریلانکا.
ج) 5 کشور از اروپای شرقی: ارمنستان، مجارستان، رومانی، روسیه و اوکراین.
د) 11 کشور از آمریکای لاتین، و کارائیب: آرژانتین، برزیل، کاستاریکا، کوبا، جمهوری دومینیکن، اکوادور، گواتمالا، هندوراس، مکزیک، پاراگوئه و پرو.
هـ) 10 کشور از اروپای غربی و دولتهای دیگر: استرالیا، کانادا، فنلاند، فرانسه، آلمان، ایرلند، ایتالیا، هلند، انگلستان و آمریکا.
کمیسیون هر سال در ماههای مارس / آوریل به مدت 6 هفته در ژنو تشکیل جلسه میدهد. هر سال بیش از 3000 هیأت نمایندگی از کشورهای عضو و دولتهای ناظر و همچنین از سازمانهای غیردولتی در این جلسات شرکت میکنند. در ژانویه 2004، استرالیا و در ژانویه 2005، اندونزی به عنوان ریاست کمیسیون برگزیده شدند.
«کمیسیون فرعی ارتقای و حمایت از حقوق بشر» مهمترین زیرمجموعه کمیسیون حقوق بشر است. این کمیسیون فرعی از 26 کارشناس تشکیل شده که وظیفه آنها مطالعه، خصوصا در راستای اعلامیه جهانی حقوق بشر و ارایه توصیههایی به کمیسیون راجع به ممانعت از تبعیضهای مختلف مرتبط با حقوق بشر و آزادیهای اساسی و حمایت از اقلیتهای نژادی، ملی، مذهبی و زبانی، میباشد. عضویت در این کمیسیون فرعی براساس توزیع منطقهای میباشد.
هدف کمیسیون حقوق بشر بررسی، نظارت و انتشار گزارش درباره وضعیت حقوق بشر در کشورها یا سرزمینها (موسوم به مکانیسم یا اختیار کشوری) و همچنین درباره پدیدههای عمده نقض جهانی حقوق بشر (موسوم به مکانیسم یا اختیار موضوعی) میباشد.