یکی از ویژگیهای ممتاز حضرت امام(ره) فهم صحیح شرایط و تدبیر درست و بهنگام و در پی آن اتخاذ تصمیماتی بود که فهم حکمت آن از سطح زمانه خود بالاتر بود؛ از این رو گاهی شاگردان نزدیک وی نیز تاب این هم سعه صدر و بزرگی روح و فهم منطق تصمیم ایشان را نداشته و لب به شکوه و گلایه میگشودند.
یکی از مهمترین تصمیمات امام(ره) مدارا و حمایت از اولین رئیسجمهور منتخب مردم، «ابوالحسن بنیصدر» بود که این حمایت با گلهمندی نیروهای خط امام همراه شده بود. در همین زمان که اختلافات نیروهای خط امام و بنیصدر به اوج خود رسیده و حمایت امام(ره) از رئیسجمهور همچنان ادامه داشت، نامهنگاریهایی بین شاگردان امام و حضرت امام جریان مییابد، که برخی از آنها با چنان قلم تندی نوشته شده است که باورکردنی نیست!
مشهورترین نامه از این قبیل نامهها متعلق به «آقای هاشمیرفسنجانی» رئیس مجلس وقت است که در تاریخ ۲۵ بهمن ماه ۱۳۵۹ به طور محرمانه خطاب به امام خمینی(ره) مینویسد و ضمن آنکه از ایشان میخواهد تا وی را پیرامون برخی مسائل «قانع» کند. در بخشی از متن نامه چنین آمده است:
«امام و رهبر و مرجع تقلید عزیز و معظم؛ به نظر میرسد در ملاقاتهای معمولی، به خاطر کارهای زیاد و خستگی جنابعالی، فرصت کافی برای طرح و بحث مطالبی اساسی که داریم به دست نمیآید، ناچار چیزهایی که تذکرش را وظیفه تشخیص میدهم تحت عنوان: «النصیحه لائمه المؤمنین» در این نامه بنویسم؛ خواهش میکنم توجه فرمایید و در ملاقات بعدی جواب لطف کنید:
...
تبلیغات متمرکز مخالفانـ که از مقام رسمی و تریبونهای رسمی در رُل مخالف و اقلیت سخن میگویندـ و نصایح کلی و عام جنابعالی و سکوت و ملاحظات ما که علل موضعگیریها را روشن نکردهایم، وضعی به وجود آورده که خیلیها خیال میکنند ما و طرف ما بر سر قدرت اختلاف داریم و دو طرف را متساویاً مقصر یا قاصر یا... میدانند. ما برای حفظ آرامش نمیتوانیم مطالب واقعی خودمان را بگوییم و جنابعالی هم صلاح ندانستهاید که مردم را از ابهام و تحیر درآورید.
خود شما میدانید که موضع نسبتاً سخت مکتبی امروز ما، دنباله نظرات قاطع شما از اول انقلاب تا به امروز است، بعد از پیروزی معمولاً ما مسامحههایی در اینگونه موارد داشتیم و جنابعالی مخالف بودید، اما نظرات شما را با تعدیلهایی اجرا میکردیم؛ شما اجازه ورود افراد تارکالصلوة یا متظاهر به فسق را در کارهای مهم نمیدادید، شما روزنامه آیندگان و... تحریم میکردید، شما از حضور زنان بیحجاب در ادارات مانع بودید، آیا رواست که به خاطر اجرای نظرات جنابعالی ما درگیر باشیم و متهم و جنابعالی در مقابل اینها موضع بیطرف بگیرید؟ آیا بیخط بودن و آسایشطلبی را میپسندید؟ البته اگر مصلحت میدانید که مقام رهبری در همین موضع باشد و سربازان خیر و شر جریانات را تحمل کنند، ما از جان و دل حاضر به پذیرش این مصلحت هستیم، ولی لااقل به خود ما بگویید. آیا رواست که همه گروه دوستان ما به اضافه اکثریت مدرسین و فضلای قم و ائمه جمعه و جماعات و... در یک طرف اختلاف و شخص آقای بنیصدر در یک طرف و جنابعالی موضع ناصح بیطرف داشته باشید؟ مردم چه فکر خواهند کرد؟ و بعداً تاریخ چگونه قضاوت میکند؟
ما جایز نمیدانیم که میدان را برای حریف خالی بگذاریم و مثل بعضی از همراهان سابق، قیافه بیطرف بگیریم و به اصطلاح جنت مکان و بیآزار و زاهد جلوه کنیم، به خاطر حفاظت از خط اسلامی انقلاب در صحنه میمانیم و از مشکلات، مخالفتها و تهمتها نمیهراسیم و به صلاحیت رهبری جنابعالی ایمان داریم، ولی تحمل ابهام در نظر رهبر برایمان مشکل است. مگر اینکه بفرمایید، همین ابهام صلاح است. احتمال اینکه این ابهام در رابطه با خطوط سیاسی و فکری جاری و خطی که در ارتش تعقیب میشود، آثار نامطلوبی در تاریخ انقلابمان بگذارد، وادارم کرد به عنوان وظیفه روی این مطالب، صراحت و تأکید داشته باشم و امیدوارم مثل همیشه این جسارت را ببخشید.
قبل از انتخابات ریاستجمهوری، به شما عرض کردیم که بینش آقای بنیصدر مخالف بینش اسلام فقاهتی است که ما برای اجرای آن تلاش میکنیم و اکنون هم بر همان نظر هستیم و شما فرمودید ریاستجمهوری مقام سیاسی است و کاری دستش نیست؛ امروز ملاحظه میفرمایید که چگونه در کار کابینه و... میتواند کارشکنی کند و چگونه با استفاده از مقام، مجلس و دولت و نهادهای انقلابی را تضعیف میکنند و ما فقط میتوانیم دفاع کنیم؛ چون تضعیف متقابل را با گفتن نواقص رئیسجمهور صلاح نمیدانیم و همان دفاع هم مشاجره تلقی میشود و بحق مورد مخالفت جنابعالی قرار میگیرد و آتشبس میدهید و خودتان هم دفاع لازم را نمیفرمایید که: اختلاف دو بینش است که یک طرف مصداق اسلامش غضنفرپور و سلامتیان و سعید سنجابی و طرف دیگر رجائی و گنابادی و منافی و موسوی و... میباشند... .
اینجانب که جنابعالی را مثل جانم دوست دارم و روی زمین کسی را صالحتر از شما سراغ ندارم، گاهی به ذهنم خطور میکند که تبلیغات و ادعاهای دیگران شما را تحت تأثیر قرار داده و قاطعیت و صراحت لازم راـ که از ویژگیهای شما در هدایت انقلاب بودهـ در موارد فوقالذکر ضعیفتر از گذشته نشان میدهید، بسیاری از مردم هم متحیرند که چرا امام قاطع و صریح در این مسائل سرنوشتساز صراحت ندارد. خدای نخواسته اگر روزی شما نباشید و این تحیر بماند، چه خواهد شد؟(اکبر هاشمیرفسنجانی، ۲۵/۱۱/۱۳۵۹)
آقای هاشمیرفسنجانی بعدها در پاسخ به پرسشی پیرامون چرایی برخی مواضع خاص و پیشبینیناپذیر خود در برخی مقاطع تاریخی انقلاب اسلامی گفت: «همیشه در چنین مراوداتی با امام من پیشقدم بودم. علت این بود که رفقای دیگر ملاحظاتی داشتند و من با امام خیلی بیرودربایستی بودم؛ چون میدانستم ایشان به من اعتماد دارند و میدانند که مریدشان هستم. من عاشق امام بودم و از لحاظ روحی خیلی به ایشان نزدیک بودم. معمولاً این مأموریتهای دشوار به من واگذارمیشد.»